An optimized affordable DNA-extraction method from Salmonella enterica Enteritidis for PCR experiments

روش هاي سريع و كم هزينه استخراج ماده ژنومي باكتري ها در آزمايشگاه هاي ميكروب شناسي تشخيصي و تحقيقاتي معمولا از مقبوليت بيشتري برخوردار هستند. آنزيم هاي نوكلياز موجود در باكتري ها كه در جريان استخراج ماده ژنومي آزاد مي گردند مي توانند سبب تخريب ماده ژنتيكي آنها و اختلال در نتايج آزمون هاي واكنش زنجيره اي پليمراز بگردند. در مطالعه حاضر هنگامي كه استخراج شده از سالمونلا انتريكا انتريتيديس به چهار روش جوشانيدن ساده در بافر TE، جوشانيدن در بافر TE محتوي پروتييناز K، فنل- كلروفرم-آيزوآميل الكل و بالاخره كيت تجارتي در يك آزمون واكنش زنجيره اي پليمراز اختصاصي بنام STM2-PCR بر روي يك سروتايپ استاندارد آزمايشگاهي و يك جدايه كلينيكي بكار گرفته شدند محصولات واكنش زنجيره اي پليمراز هر چهار روش بجز نمونه حاصل از روش جوشانيدن ساده پايداري خود در دماي 4 درجه سانتيگراد را بمدت 28 روز حفظ نمودند. اين تحقيق با هدف ارزيابي امكان يافتن راهكاري براي بهينه سازي روش ساده جوشانيدن باكتري كه بتواند پايداري محصولات واكنش زنجيره اي پليمراز را تضمين نمايد صورت پذيرفته است. يافته كاربردي اين مطالعه آن است كه جوشانيدن باكتري در بافر TE محتوي 0.02 mg/µl پروتييناز K، ضمن آنكه بسرعت و با حداقل هزينه قابل انجام مي باشد مي تواند در آزمايشگاه هايي كه با تعداد زيادي نمونه سالمونلا سروكار دارند مورد استفاده قرار گيرد.

In diagnostic and research bacteriology settings with budget and staff restrictions, fast and cost-effective genome extraction methods are desirable. If not inactivated properly, cellular and/or environmental DNA nucleases will degrade genomic material during the extraction stage, and therefore might give rise to incorrect results in PCR experiments. When crude cell extracts, proteinase K–treated templates and purified DNAs prepared by phenol-chloroform-isoamylalcohol method as well as a commercial extraction kit were subjected to the Salmonella enterica Enteritidis specific STM2 PCR, with exception of crude cell extract, PCR products from all other three methods saved their integrity for 28 days post-generation. This work aimed to find out whether improvement to boiling method can guaranty stability of PCR products. As results showed, treatment of crude cell extracts from S. Enteritidis with proteinase K offers an inexpensive, fast and effective DNA extraction method suitable for high-throughput laboratories.