Molecular detection and phylogenetic analysis of Avipoxvirus strains isolated from different bird species

در اين مطالعه واکنش زنجيره‌اي پليمراز جهت افزوده سازي ژن پروتئين هسته مرکزي b4 به اندازه bp 578 انجام گرفت. DNA اختصاصي ويروس آبله طيور در 10 جدايه مختلف از پرندگان شامل ماکيان، قناري و مرغ مينا (هر کدام جدا شده و نماينده يک همه‌گيري) که از شهر تهران جمع آوري شده بودند، مشخص گرديد. ژن هسته مرکزي b4 براي دو جدايه (به عنوان نماينده) تعيين توالي گرديد و مقايسه نوکلئوتيدهاي خوانده شده، شباهتي بين 71 تا 100% را با ديگر توالي‌هاي موجود در بانک ژني نشان داد. درخت فيلوژنتيک ترسيم شده 6 شاخه مجزا را نشان داد. آناليز توالي نوکلئوتيدي مشخص کرد که سويه‌هاي ايراني در گروه بسيار حفاظت شده‌اي از لحاظ ژن b4 متشکل از کشورها و گونه‌هاي مختلف پرندگان قرار دارند. با توجه به فاصله بين کشورهاي منبع ويروس‌هاي هم شاخه با جدايه‌هاي ايراني اين مطالعه، مشابهت اين جدايه‌هاي هم شاخه با جدايه‌هاي ايراني (95 تا 99%) و در نتيجه پتانسيل عفونت‌زايي جدايه‌ها در مناطق و گونه‌هاي مختلف، صادرات و واردات پرندگان به کليه مناطق جهان احتمال دارد که سبب گسترش ويروس به ديگر نقاط گردد. بنابراين اقدامات شديد قرنطينه‌اي در مبادي ورودي هر کشوري لازم به نظر مي‌رسد. در عين حال اين مطالعه اولين مطالعه مولکولي درباره آبله طيور به ويژه پرندگان اگزوتيک در ايران مي‌باشد.

The polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify a 578 bp fragment of the poxvirus 4b core protein. Avipoxvirus (APV) specific DNA was detected in all 10 different isolates (each of which had been isolated from an epidemic) isolated from chicken; canary and mynah were collected from Tehran province. Sequencing was performed for 2 isolates as representative and the nucleotide sequence showed a similarity of 71-100% with the other sequences in the GenBank. The derived phylogenetic tree showed six distinguishable sequence clusters. The sequence analysis reveals that the Iranian isolates are within the cluster with highly conserved p4b core protein in different countries and species of birds. Concerning the distance between countries which is the origin of the studied isolates that are situated in the same cluster with our Iranian isolates, nearly the same identity (95-99%) of isolates in this cluster exist, and so potential of infectivity of the isolates in several species and regions, and the import and export of birds from all over the world can likely spread the virus to other countries. Hence, strict quarantine measures should be considered in the entrances of every country. Moreover, this is the first molecular study in Avipoxviruses in Iran, especially in exotic birds.