Analysis of genetic diversity between and within Iranian accessions of spinach (Spinacia oleraceae L.) by SRAP markers

اسفناج (Spinacia oleraceae) يك سبزي برگي است كه در بسياري از كشورها، داراي اهميت اقتصادي مي‌باشد. اين مطالعه اولين كاربرد نشانگرهاي SRAP در ارزيابي گوناكوني ژنتيك در ژنوتيپ‌هاي ايراني مي‌باشد. هشت تركيب آغازگر، 88 قطعه قابل امتيازدهي در محدوده 50 تا 1000 جفت باز تكثير نمود كه از اين تعداد 73 باند آن چندشكل، با ميانگين 9/82 باند چندشكل در هر تركيب آغازگر و ميانگين محتواي اطلاعات چندشكل 0/35(PIC) بدست آمد. براساس تجزيه داده‌هاي SRAP و طبق ضريب دايس، ماتريس تشابه محاسبه گرديد. با استفاده از تجزيه خوشه‌ايي به روش UPGMA، درختواره تشابه تهيه گرديد. همبستگي كوفنتيك بالا (r=0.85, P < 0.0001) بين شباهت‌هاي درخت و ماتريس تشابه يافت شد كه نشان مي‌دهد تجزيه خوشه‌ايي بطور كامل ماتريس تشابه را توجيه مي‌كند. براساس درختواره UPGMA، ژنوتيپ‌هاي اسفناج در دو گروه خوشه‌بندي شدند. اين مطالعه مقدماتي، موثربودن نشانگرهاي SRAP در ارزيابي گوناگوني ژنتيك جمعيت‌هاي اسفناج را به اثبات مي‌رساند.

Spinach (Spinacia oleracea L.) is an economically important leafy vegetable crop in many countries. This is the first case study of using SRAP markers to analyze genetic diversity of Iranian spinach accessions. Eight SRAP primer combinations generated 88 scorable bands ranging from 50 to 1000 bp, among which 73 were polymorphic, with an average of 82.9 polymorphic bands per primer combination and average polymorphism information content (PIC) of 0.35. Based on the analysis of SRAP data, a similarity matrix was calculated according to the Dice coefficient. Similarity dendrogram was constructed using UPGMA algoritm. Cophenetic correlation between ultrametric similarities of tree and similarity matrix was found to be high (r=0.85, P < 0.0001), suggesting that the cluster analysis strongly represents the dissimilarity matrix. According to the UPGMA dendrogram, the spinach accessions clustered into two groups. This preliminary study demonstrated that SRAP markers are effective for evaluating genetic diversity between and within spinach accessions.