Polymorphism of sheep POU1F1 gene exon 6 and 3ʹUTR region and their association with milk production traits

هدف از مطالعه، رديابي پلي‌مورفيسم AluI و DdeI در اکسون 6 ژن POU1F1 و ناحيه 3ʹUTR در نژادهاي گوسفند ترکي و ارتباط آن‌ها با صفات توليد شير بود. نمونه‌هاي خون وداجي از 50 گوسفند ساکيز، 50 کارامان سفيد، 50 آواسي با استفاده از ضد انعقاد EDTA جمع‌آوري شد. PCR-RFLP و آناليز تعيين توالي به ‌منظور پلي‌مورفيسم‌هاي احتمالي در ناحيه جانبي اکسون 6 و ʹ3 ژن POU1F1 انجام شدند. محصولات PCR توسط اندونوکلئاز محدود کننده AluI و DdeI هضم شده و پلي‌مورفيسم دو اللي توسط اندونوکلئاز محدود کننده AluI و دو ژنوتيپ (TT (296 bp و 173 bp)) و (CC (235 bp، 173 bp و 61 bp)) شناسايي شدند. نژادهاي کارامان سفيد و آواسي براي محل‌هاي محدودکننده AluI پلي‌مورفيسم نشان ندادند. در محل شکافت DdeI در سه نژاد گوسفندان پلي‌مورفيسم تشخيص داده نشد. نتايج آماري معني‌داري در ميزان توليد شير (P<0.001)، چربي (P<0.001) و لاکتوز (P<0.05) با ژنوتيپ TT و CC ديده شد، هر چند رابطه معني‌دار ژنوتيپ‌هاي TT و CC با مقادير پروتئين شناسايي نشد (P>0.05) و موارد با ژنوتيپ TT توليد شير بهتري در نژادهاي گوسفندي ساکيز داشتند. به عنوان نتايج ترتيبي، هفت نقطه تغيير براي اکسون 6 (g.185T>C) و 3ʹUTR g.220G>A)، g.229C>T، g.248C>T، g.250A>C، g.255T>C و (g.258C>T ژن POU1F1 گوسفند تعيين شدند. ما اينجا براي اولين بار پلي‌مورفيسم‌هاي نوکلئوتيد منفرد ژن POU1F1 براي هر دوي اکسون 6 و 3ʹUTR گزارش کرده و اثرات آن را بر روي صفات شير در نژادهاي گوسفند ترکي ارزيابي نموده‌ايم.

The purpose of the study was to detect the AluI and DdeI polymorphisms within POU1F1 gene exon 6 and 3ʹUTR region in Turkish sheep breeds, and their association with milk productive traits. Jugular blood samples were collected from 50 Sakiz, 50 White Karaman, and 50 Awassi sheep using EDTA as an anticoagulant. PCR-RFLP and sequencing analysis were performed to investigate possible polymorphisms in the exon 6 and 3ʹ flanking region of the sheep POU1F1 gene. The PCR products were digested with restriction endonuclease AluI and DdeI, and biallelic polymorphism was found with restriction endonuclease AluI and two genotypes (TT (296 bp and 173 bp) and CC (235 bp, 173 bp and 61 bp)) were detected. White Karaman and Awassi breeds did not show polymorphisms for AluI restriction sites. No polymorphism at the DdeI cleavage sites was detected in the three sheep breeds. Significant statistical results were found in milk yield (***P0.001), fat (***P0.001) and lactose (*P0.05) values with TT and CC genotypes, however no significant association of TT and CC genotypes with protein values was detected (P>0.05) and individuals with genotype TT had a superior milk yield in Sakiz sheep breeds. As sequence results, seven variation points were determined for exon 6 (g.185T>C) and 3ʹUTR (g.220G>A, g.229C>T, g.248C>T, g.250A>T, g.255T>C, g.258C>T) of the sheep POU1F1 gene. We have reported here for the first time single nucleotide polymorphisms of the POU1F1 gene for both exon 6 and 3ʹUTR and its effects on milk traits in Turkish sheep breeds were evaluated.