Identification of a cDNA sequence coding for kruppel-like factor 2b (Klf2b) from the skin mucosa of common carp (Cyprinus carpio)

پروتئينKruppel-like factors (Klfs) که وابسته به خانواده پروتئين‌هاي حاوي دامين zinc-finger مي‌باشد، در تنظيم رشد سلول‌هاي يوکاريوتيک و تفريق انواع متفاوتي از سلول‌هاي پستانداران نقش دارد. با استفاده از تکنيک RT-PCR يک cDNA کد کننده بخش انتهايي N پروتئين مربوطه به طول 456 نوکلئوتيد به کمک پرايمرهاي دژنره از مخاط پوست ماهي کارپ معمولي (سيپرينوس کارپيو) افزوده گرديد. از توالي اين قطعه به عنوان جستجوگر جهت يافتن قطعات cDNA بزرگتر در زمان جستجوي داده‌هاي Expressed Sequence Tag بانک بين‌المللي ژن استفاده گرديد. در نهايت اندازه قطعه افزوده شده به طول 1157 نوکلئوتيد تعيين گرديد که اين قطعه پلي‌پيتيدي به طول 274 اسيد آمينه را کد مي‌کند. اين پلي‌پيتيد داراي وزن ملکولي 359/30 کيلو دالتون و نقطه ايزو الکتريک 88/4 مي‌باشد. مقايسه توالي اسيدهاي آمينه پروتئين Klf2b شناسايي شده از کارپ معمولي با توالي‌هاي مشابه مربوط به Danio rerio، Tetraodon nigroviridis و Salmo salar به ترتيب 79، 54 و 53 درصد همولوژي را نشان مي‌دهد. در حالي که شباهت اين پروتئين با Klf مربوط به Xenopus laevis به ميزان 50%، Gallus gallus 44% و Mus musculus 30% برآورد گرديد.

Kruppel-like factors (Klfs) are a highly related zinc-finger family of transcription factors implicated in the regulation of the eukaryotic cellular growth and differentiation of a diverse set of cells in mammal. Using RT-PCR technique, a 456 bp cDNA fragment encoding N-terminus part of a Klf2b was isolated from the skin mucosa of common carp (Cyprinus carpio) using two degenerative oligonucleotide primers. Use of this fragment as a probe allowed the isolation of a larger cDNA clone through the searching of the GenBank expressed sequence tag database. The size of the amplified product is 1157 bp, which encodes a polypeptide of 274 amino acid residues with a predicted molecular mass of 30.359 kDa and theoretical pI of 4.88. The deduced amino acid sequence exhibited 79, 54, and 53% identity to the homologous Klf2b identified from zebrafish Danio rerio, Spotted Green Pufferfish Tetraodon nigroviridis and Atlantic salmon Salmo salar, respectively. The common carp protein is 50% similar to Klf2 orthologues in African clawed frog Xenopus laevis, 44% in chicken Gallus gallus and is 30% similar to the mammalian Klf in house mouse Mus musculus.