Microsatellite loci analysis for the genetic variability and paternal lineages in Iranian native dogs

تنوع زيستي يكي از عوامل مهم براي اصلاح گران حيوانات اهلي جهت حفظ اين ذخاير ژنتيكي محسوب مي شود. در اين تحقيق به بررسي تنوع ژنتيكي، رابطه فيلوژنتيكي و خطوط پدري جمعيت سگ هاي بومي ايران، با استفاده از 17 نشانگر ريزماهواره اي اتوزومي و نشانگر مختص كروموزوم Y پرداخته شد. كل DNA نمونه ها، استخراج و براي تعيين ژنوتيپ بكار گرفته شد. نتايج بدست آمده حاكي از آن بود كه همه جمعيت ها به جز بختياري، سرابي و البرز در يك جايگاه يا بيشتر، انحراف معني داري از تعادل هاردي -واينبرگ را نشان دادند .(P < 0.05) دامنه تعداد آلل در جمعيت ها از 4 (FH3053) تا 9 (FH20609,20) بود (با ميانگين 2/6). هم چنين مطالعه تعداد آلل موثر، شاخص شانون و معيار PIC نيز نشان داد كه جايگاه FH3053 وFH20609,20 به ترتيب داراي كمترين و بيشترين تنوع در بين جايگاه هاي مورد مطالعه مي باشند. بيشترين ميزان هتروزيگوسيتي در جمعيت كردي (72/0) و كمترين آن در جمعيت سنگسري (53/0) مشاهده شد. هم چنين بيشترين فاصله ژنتيكي بين جمعيت هاي بومي البرز و تازي و كمترين آن بين جمعيت هاي سرابي و بختياري مشاهده گرديد. آناليز نشانگرهاي مختص كروموزوم Y نشان دهنده وجود 8 هاپلوتيپ پدري در جمعيت هاي مطالعه شده بود كه نشان دهنده تنوع بالا در اين جمعيت هاست. نتايج اين تحقيق نشان داد كه نشانگرهاي مورد بررسي در برخي از جمعيت هاي تحت مطالعه حاوي آلل هاي جديدي مي باشند. اين يافته ها مي-تواند براي استراتژي هاي اصلاح نژادي و حفاظت جمعيت ها مفيد واقع شوند.

Genetic variation among the individuals is considered as an important tool for conservation of livestock animals. This study was conducted to analyze the genetic variation, phylogenetic relationship and paternal lineages among Iranian dog populations using seventeen autosomal and Y chromosome-specific microsatellite markers. Total DNAs of the samples were extracted and applied for genotype analysis. The results demonstrated that all populations except the Bakhtiari, Sarabi and Alborz samples showed significant deviations from Hardy–Weinberg equilibrium (HWE) at more than one locus. The number of alleles per population ranged from 4 (FH3053) to 9 (FH20609,20) with a mean of 6.2. In addition, based on the effective alleles, Shannon index and PIC, FH3053 and FH20609, 20 loci indicated the least and the most diversity. The expected heterozygosity varied from 0.53 in Sangsari population to 0.72 in Kurdish population. The highest and lowest genetic distance were detected between Tazi and Alborz and between Bakhtiyari and Sarabi populations, respectively. Y-Specific markers identified eight paternal haplotypes in the populations, indicating various paternal lineages in Iranian native dogs. The results of the current study indicated the segregation of breed-specific alleles in some dog populations, and showed that the populations had a relatively high genetic variation. The findings could be useful in the designing of breeding strategies and conservation of the dog populations in Iran.