Assessment of genetic diversity and relationship of coastal salt tolerant rice accessions of Kerala (South India) using microsatellite markers

برنج (Oryza sativa L.) يكي از مهمترين گياهان زراعي است كه حدود سه ميليارد نفر از جمعيت دنيا براي زنده ماندن به ان وابسته بوده و80 درصد انرژي مورد نياز روزانه در اكثر كشور هاي آسيايي از آن تامين مي شود. اگاهي از نحوه توزيع گسترده و الگوي تغييرات ژنتيكي براي تخمين هر نقصان احتمالي تنوع ژنتيكي و نقش ان در برنامه هاي اصلاحي سودمند مي باشد. در تحقيق حاضر تنوع ژنتيكي ميان 25 جمعيت برنج ساحلي پنج منطقه از كرالا (در جنوب هند ) با استفاده از 18 ماركر ريزماهواره مورد ارزيابي قرار گرفته است. ميانگين مقدار PIC برابر با 37/0 و ميانگين 5/3 آلل براي هر جايگاه مشاهده شد. ميانگين مقدار هتروزيگوسيتي برابر با 29/0 و ارزش تنوع ژني 41/0 بدست آمد. تجزيه تحليل اختلاف مولكولي (AMOVA) نشان داد كه تفاوت ژنتيكي در سطح p < 0.001 معني دار بوده و مقدار شاخص FST برابر با 035/0 مي باشد. از مجموع تنوع، 76/57 درصد در ميان افراد و 71/38 درصد بين جمعيت ها مشاهده گرديد. اطلاعات بدست آمده نشان دهنده ميزان تنوع ژنتيكي در اين ارقام متحمل به نمك و روابط خويشاوندي ژنتيكي ميان ژنوتيپ ها مي باشد. براي طراحي برنامه هاي اصلاحي موثر ضروري بوده و براي دستيابي به اهدافي مانند اصلاح براي افزايش عملكرد، تطبيق پذيري گسترده تر، كيفيت مطلوب تر و مقاومت به آفات و بيماري ها مي توان از آنها استفاده كرد.

Rice (Oryza sativa L.) is one of the most significant cereal crops, about 3 billion people, nearly half the worldʹs population; depend on rice for survival and it offers up to 80% of daily energy intake in most of the Asian countries. Knowledge of the distribution, extent and pattern of genetic variation is useful for estimation of any possible loss of genetic diversity and its role in breeding programs. This work assessed the genetic diversity among 25 coastal rice populations of five regions of Kerala (South India) using 18 microsatellite markers. A mean PIC value of 0.37 and an average of 3.5 alleles per loci were observed. Mean Heterozygosity value of 0.29 and gene diversity value of 0.41 was attained. AMOVA demonstrated that genetic differentiation was significant at P < 0.001 and FST index value of 0.035 was obtained. Of the total diversity, 57.76% was attributed within individuals, 38.71% was attributed among individuals within populations and 3.53% among populations. Information regarding the amount of genetic variations in these salt tolerant coastal accessions and genetic relationship between genotypes are essential for designing effective breeding programs. Especially, to meet the differentiated goals of plant breeding such as breeding for increasing yield, wider adaptation, desirable quality, pest and disease resistance.