گزارش گونه‏هاي نوكاردياي جدا‏سازي شده ازخاك، توسط تعيين توالي ژن 16S rRNA، اصفهان، ايران

مقدمه: جنس نوكارديا جزو اكتينوميست هاي هوازي هستند كه يك گروه بزرگ از باكتري هاي ساكن خاك را شامل مي شوند، كه در جهان پخش شده اند. در اين مطالعه، با استفاده از آزمون هاي تشخيصي رايج، مرسوم و مولكولي گوناگون، چندين ايزوله هاي نوكارديا جداسازي و تشخيص داده شد. مواد و روش ها: در اين پژوهش، براي جداسازي از خاك، روش Slipburied و براي استخراج DNA، روش Microwave oven استفاده شد و در اين روش ها، سويه استاندارد DSM 43757 Nocardia asteroides استفاده شد. در ادامه، روش PCR با استفاده از پرايمرهاي عمومي انجام شد. نتايج: با تحليل اطلاعات فنوتيپي و مولكولي، به ويژه تعيين توالي ژن 16S rRNA، ژن هاي نوكاردياي هاي جداسازي شده از خاك اصفهان، كه در ادامه به آن ها اشاره شده است، درپايگاه داده NCBI باAccession number مربوط به هر ژن ثبت شدند. نوكاردياهاي ثبت شده در NCBI: Nocardia cyriacigeorgica KC577151, Nocardia asteroides KC577152, Nocardia cummidelens KC577153, Nocardia asteroides KC577155, Nocardia asteroides KC577155, Nocardia coubleae KC577156 .. بحث و نتيجه گيري: در اين پژوهش 6 گونه نوكارديا جداسازي و تشخيص داده شد، كه برخي از اين گونه هاي جداسازي شده از خاك ايران، اصفهان، در زمان جداسازي و تشخيص،گونه هاي جديدي بودند. براي تشخيص بيشترگونه هاي مختلف نوكارديا مي توان در مطالعات بعدي از تكثير و تعيين توالي ژن هاي ديگر اين باكتري از جمله ITS,hsp65 secA, rpoB و sod بهره گرفت.

Introduction: The genus Nocardia belongs to aerobic Actinomycetes. They are a large group of soildwelling bacteria that are distributed worldwide. Using various key conventional and molecular diagnostic tests, several Nocardia isolates were identified, characterized and distinguished. Materials and methods: In our study, soil isolation method was Slipburied type and DNA extraction was obtained through Microwave oven method and Nocardia asteroides DSM 43757type strain as standard was tested to approve the above method. Following this study, Polymerase Chain Reaction was carried out using universal primers. Results: Phenotypic and molecular data analysis, particularly 16S rRNA gene sequencing, provided evidence on Nocardia cyriacigeorgica KC577151, Nocardia asteroides KC577152, Nocardia cummidelens KC577153, Nocardia asteroides KC577154, Nocardia asteroides KC577155, Nocardia coubleae KC577156 involvement in Iran soil in Isfahan and these isolates were eventually registered in NCBI gene bank. Discussion and conclusion: In this research, six Nocardia species were isolated and identified some of which isolated species were novel in Iran soil in Isfahan, at the time of isolation and detection. To identify more species of Nocardia in subsequent studies, proliferation and sequencing of other genes of the bacteria such as hsp65, ITS, secA, rpoB and sod can be applied.