Penggunaan Repetitive Sequence-Based Polychain Reaction (REP-PCR) Untuk Pengelompokan Bakteri Vibrio yang Berasosiasi dengan Ikan Kerapu Sakit dari Perairan Karimunjawa

Ikan kerapu sakit diperoleh dari keramba jaring apung yang berlokasi di perairan Karimunjawa. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji penggunaan Repetitive Sequence-Based Polychain Reaction (REP-PCR) untuk pengelompokan bakteri genus vibrio yang berasosiasi dengan berbagai ikan kerapu sakit. Sebanyak 32 isolat Vibrio berhasil diisolasi dari bagian luka maupun ginjal berbagai ikan kerapu sakit dengan medium Thiosulfat Citrat Bile Salt Agar (TCBSA). Hasil rep-PCR diperoleh bahwa terdapat delapan kelompok bakteri vibrio yang berasosiasi dengan ikan kerapu sakit. Oleh karena itu, pada penelitian ini, delapan isolat (JT 02, JT 07, JT 10, JT 13, JT 20, JT 24, JT 27, dan JT 31) yang masing-masing mewakili kelompoknya akan dilakukan uji selanjutnya. Teknik molekuler gen 16S rDNA digunakan untuk karakterisasi kedelapan isolat secara komprehensif. Berdasarkan analisis sekuen gen 16S rDNA, data menunjukkan bahwa isolat JT 02, JT 07, JT 10, JT 13, JT 20, JT 24, JT 27, dan JT 31 memiliki kekerabatan terdekat dengan Vibrio natriegens, V. olivaceus, V. damsella ATCC33, V. fortis, V. alginolyticus, V. harveyi, V. parahaemolyticus and V. carcharieae. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa rep-PCR dapat digunakan untuk pendekatan molekuler secara efisien pada bakteri vibrio yang berasosiasi dengan kerapu sakit.