TRANSFERABILITY AND POLYMORPHISM OF BARLEY MICROSATELLITE MARKERS ACROSS H-GENOME CONTAINING SPECIES IN THE GENUS HORDEUM (H. VULGARE AND H. BULBOSUM)

تعداد محدودي ماركرهاي ريزماهوارك مناسب براي بررسي تنوع وراثتي گونه‌ي H. bulbosum وجود دارد. در اين مطالعه قابليت انتقال ريزماهوارك‌هاي جو زراعي به گونه‌ي H. bulbosum و تنوع پذيري آنها مورد بررسي قرار گرفته است. از 93 زوج پرايمر SSR آزمايش شده همگي در گونه‌ي H. vulgare (11 نمونه بذر) قطعاتي از DNA را تكثير نمودند ولي تنها 46 زوج از آنها (61/51%) قابليت انتقال به گونه H. bulbosum (5 نمونه بذر) با سطح قابل ملاحظه‌اي از تنوع را نشان دادند. در گونه‌ي H. murinum كه به عنوان برون گروه استفاده شده بود 22 زوج پرايمر SSR (65/23%) قابليت انتقال نشان دادند. در PCR انجام شده با استفاده از 48 ماركر SSR تعداد 546 آلل در كل جمعيت‌ها تشخيص داده شد. تعداد آلل‌ها در هر جايگاه وراثتي SSR بين 3 تا 13 با ميانگين 375/11 آلل بود. مقدار PIC محاسبه شده براي هر ماركر بين 161/0 تا 621/0 با ميانگين 477/. بود. مقدار PIC در گونه‌ي H. vulgare (با ميانگين 639/0) به طور معني داري بالاتر از H. bulbosum (با ميانگين 316/0) بود. در دندروگرام حاصل جمعيت‌ها بر اساس گروه هاي تاكسونوميك از هم جدا شدند كه نشان‌دهنده‌ي كارآيي اين ماركرها براي مطالعه فيلوژني درون اين گروه است. نتايج اين مطالعه نشان مي‌دهد كه مايكروساتلايت‌هاي جو زراعي براي بررسي تنوع وراثتي گونه‌ي H. bulbosum مناسب هستند.

Limited numbers of microsatellite markers are available for genetic characterization of Hordeum bulbosum which comprises the secondary genepool of cultivated barely. The objective of this study was to evaluate the transferability of microsatellite markers from H. vulgare to H. bulbosum and a preliminary evaluation of their polymorphism. From ninety-three pairs barley SSR primer tested for transferability, all of them amplified DNA segments in H. vulgare (11 accessions) and 48 pairs (51.61%) were transferable to the H. bulbosum (5 accessions) with high level of polymorphism. Twenty-two (23.65%) SSR markers showed transferability to H. murinum used as outgroup. A total of 546 alleles were detected by 48 transferred primer pairs in all accessions. The number of alleles per locus ranged from 3 to 13 with an average of 11.375 alleles per locus. The PIC values were ranged from 0.161 to 0.621 with an average of 0.477. The value of PIC in H. vulgare (average PIC = 0.639) was significantly higher than H. bulbosum (average PIC = 0.316). In dendrogram generated based on SSR data accessions were divided into groups related to their taxonomic classifications, indicating the efficiency of barley SSRs for phylogenetic analyses in H genome containing species in the genus Hordeum. Based on the results of this study, it can be suggested that the cross species transferable barley SSRs are valuable molecular tools, for genetic diversity analyses in the H. bulbosum for which limited number of microsatellite markers are available. This study provided a set of efficient SSR markers from publicly available barley microsatellite markers for the genetic characterization of H. bulbosum.