Title of article :
In silico genome-wide screening for TnrA-regulated genes of Bacillus clausii
Author/Authors :
Farazmand، Abbas نويسنده Department of Industrial and Environmental Biotechnology, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology (NIGEB), P.O. Box 14965-161, Teh , , Yakhchali، Bagher نويسنده , , Shariati، Parvin نويسنده Department of Industrial and Environmental Biotechnology, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology (NIGEB), P.O. Box 14965/161, Teh , , Minuchehr، Zarrin نويسنده Department of Industrial and Environmental Biotechnology, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology (NIGEB), P.O. Box 14965-161, Teh , , Ofoghi، Hamideh نويسنده Department of Biotechnology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), P.O. Box 15815-3538, Tehran, I.R. Iran ,
Issue Information :
فصلنامه با شماره پیاپی 0 سال 2012
Abstract :
تنظيم عمومي نيتروژن در باسيلوس كلاوزي نيازمند عامل رونويسي Tnr-A است. براي كسب يك ديدگاه كلي در باره تنظيم ژن بوسيله Tnr-A در باسيلوس كلاوزي، كل ژنوم باسيلوس كلاوزي براي شناسايي توالي توافقي 5’TGTNAN7TNACA3’ به عنوان محل ويژه Tnr-A بررسي و 13 واحد نسخه برداري حاوي محل ويژه Tnr-A بالقوه تشخيص داده شد. مناطق هدف Tnr-A شناخته شده در اين مطالعه عبارت بودند از: tnrA, glnA,nrgA, nasFDEB, ، ژنهاي puc ، licT، دو اوپرون ناقل اوليگو پپتيد ABC، lytR، تنظيم كننده نسخه برداري خانواده Lrp/AsnC، ژنهاي hyu و يك پروتيين ناشناخته از نظر بيوشيميايي.
Abstract :
Bacillus clausii TnrA transcription factor is required for global nitrogen regulation. In order to obtain an overview of gene regulation by TnrA in B. clausii KSM-K16, the entire genome of B. clausii was screened for the consensus sequence, 5’-TGTNAN7TNACA-3’ known as the TnrA box, and 13 transcription units were found containing a putative TnrA box. The TnrA targets identified in this study were tnrA, glnA, nrgA, nasFDEB, puc genes, licT, the two operons of the oligopeptide ABC transporter, lytR, transcriptional regulator of the Lrp/AsnC family, sodium-dependent transporter of SNF family, hyu genes and a biochemically uncharacterized protein.
Journal title :
Iranian Journal of Biotechnology (IJB)
Journal title :
Iranian Journal of Biotechnology (IJB)
