Molecular typing of group A bovine rotavirus of calves in the provinces of Tehran, Alborz and Qazvin

زمينه مطالعه: روتاويروس هاي گروه A گاوي، يكي از مهمترين عوامل مسبب گاستروانتريت و اسهال در گوساله هاي تازه متولد شده هستند. هدف:‌ ‌در اين مطالعه تيپ هاي اصلي اين ويروس ها با روش هاي مولكولي تعيين تيپ شدند. روش كار:‌ ‌در طي دو سال 125 نمونه مدفوع از گوساله هاي زير دو ماه مبتلا به اسهال از 26 گاوداري صنعتي استان هاي تهران، البرز و قزوين كه از بزرگترين مراكز پرورش گاو در ايران هستند، جمع آوري شدند. با استفاده از روش ELISA حضور روتاويروسهاي گروه A در 2/39( %49 از 125) كل نمونه‌ها مورد تاييد قرار گرفت. به منظور تعيين ژنوتيپ هاي G و P 35 نمونه مثبت در آزمون ELISA با استفاده از seminested multiplex RT-PCR مورد بررسي قرار گرفتند. نتايج:‌از ميان ژنوتيپ هاي G حضور ژنوتيپ هاي ‌ 10G(1/57)% و ‌ 6G(9/22)% مورد تاييد قرار گرفت. عفونت همزمان با دو ژنوتيپ ‌10G و ‌6G در 7/5( %2 از 35) نمونه ها ديده شد. همچنين در مورد ژنوتيپ هاي P، ]11P[‌ شايع ترين ژنوتيپ شناخته شد (4/71)% و بعد از آن ژنوتيپ ‌ ]5P[(3/14)% قرار داشت. در اين مطالعه ژنوتيپ هاي ‌8G و ‌]1P[‌ ديده نشد. تركيب ژنوتيپ هاي موجود در اين مطالعه شامل ‌-like strains223] (B11P[10G)، ] (UK-like strains)5P[6G و ‌-like strains)4] (KN11P[6G بود كــه درصــد وقــوع هــركــدام بــه تـرتيـب 4/51، 3/14و 6/8 بـود. در 85/2% نمـونـه‌هـا تـركيـب ژنتيكـي ]11P[10/G6G ديـده شـد. نتيجه‌گيري‌نهايي:‌‌بنا بر اطلاعات موجود، در اين مطالعه براي اولين بار ژنوتيپ‌هاي P روتاويروس هاي گروه A گاو در ايران انجام شده است. همچنين در اين مطالعه براي اولين بار در ايران تركيب كامل ژنوتيپي رايج ترين سويه هاي روتاويروس گروه A گاوي، گزارش مي شود. نتيجه اين تحقيق همچنين حاكي از آن است كه در طي سالهاي اخير ميزان وقوع ژنوتيپ هاي G در سه استان تهران، البرز و قزوين نسبت به مطالعات قبلي تغيير يافته است. علاوه بر اين، نتايج اين مطالعه براي طراحي و ساخت واكسن در ايران مي تواند بسيار مفيد باشد.

BACKGROUND: Group A bovine rotavirus (BRV-A) is one of the most important causes of gastroenteritis and diarrhea in newborn calves. OBJECTIVES: Major types of BRV-A in Tehran, Alborz and Qazvin were detected in this study. METHODS: A total of 125 fecal samples of calves showing clinical signs of diarrhea were collected from 26 industrial dairy farms located in the provinces of Tehran, Alborz and Qazvin, during a two-year period. RESULTS: BRV-A was detected in 39.2 % (49/125) of total samples using a commercial ELISA kit. Thirty five positive samples were analyzed by seminested multiplex RT-PCR for P and G genotyping. G10 was the most prevalent genotype, accounting for 57.1% of samples, G6 accounted for 22.9% of samples and in 5.7% of samples (2/35), mixed infection of both genotypes G6 and G10 were detected. Also, the detected P types were P[11] and P[5], accounting for 71.4% and 14.2%, respectively. In our study, none of the genotypes G8 and P[1] were detected. The incidence of genotype combinations cor-responded to the B223-like strains (G10P[11]), UK-like strains (G6P[5]) and KN4-like strains (G6P[11]) were 51.4%,14.3% and 8.6%, respectively. Mixed infections G6/G10P [11] were detected in 2.85% of all samples analyzed with RT-PCR. CONCLUSIONS: To the best of our knowledge, this is the first report about the determination of P genotypes of BRV-A and distribution of the most common BRV-A strains circulating in Iran. Our study also indicated that the incidence of the G genotypes of BRV-A in the provinces of Tehran, Alborz and Qazvin, which is one of the greatest husbandry centers in Iran, has changed in the past years. Furthermore, this finding could be valuable in rotavirus vaccine design.