A single procedure to recover DNA from the surface or inside aggregates and in various size fractions of soil suitable for PCR-based assays of bacterial communities

A single DNA procedure to recover bacterial DNA from various soil microenvironments which differ in their physical, chemical and structural properties was developed. These microenvironments, obtained by a combination of soil washes and physical fractionation, were the outer part or macroporosity (outside and surface of aggregates), the inner part or microporosity (inside of aggregates) and various size and stability classes of soil aggregates and particles. The DNA extraction method involved sample homogenization and cell disruption by grinding in liquid nitrogen, followed by enzymatic lysis with lysozyme and proteinase K. High yields of high molecular weight DNA (≥ 23 kb) were obtained for all microenvironments. Crude DNA yields for the various soil microenvironments were between 0.7 and 51.4 μg DNA•g−1 soil sample and were positively correlated with bacterial cell abundance (r = 0.91). Further purification steps allowed to recover at least 60 % of the DNA extracted from the various microenvironments. The suitability of the extracted DNA to undergo enzymatic amplification reactions and the effectiveness of the extraction procedure in recovering DNA from various native bacterial groups was tested using primers for archaebacterial 16S rDNAs, universal and group-specific eubacterial 16S rDNAs primers (β- and γ-proteobacteria, High G+C Gram-positive bacteria, and Bacillus species and relatives). Successful amplification of less ubiquitous genes was also obtained with primers targeting nitrogen fixation (nifH) and mercury resistance (merRTΔP) genes. Résumé Une procédure présentant une efficacité comparable pour extraire directement lʹADN des microenvironnements du sol, différents par leurs caractéristiques physico-chimiques et structurales, a été développée. Ces microenvironnements, obtenus par une technique de lavages de sol combiné à un fractionnement physique, sont le compartiment externe ou macroporosité (surface des agrégats), le compartiment interne ou microporisté (lʹintérieur des agrégats) et les différentes classes de taille et de stabilité dʹagrégats. La technique dʹextraction dʹADN consiste en une homogénéisation de lʹéchantillon et une lyse physique des cellules par cryobroyage dans lʹazote liquide, suivie dʹune lyse enzymatique avec du lysozyme et de la proteinase K. Des rendements importants de récupération dʹADN de haute masse moléculaire (≥ 23 kb) ont été obtenu dans chaque microenvironnement. Ces rendements varient de 0,7 à 51,4 μg dʹADN non purifié par gramme de microenvironnement et sont positivement corrélés avec lʹabondance en cellule bactérienne (r = 0,91). Lʹétape de purification développée à permis de récupérer au moins 60 % de lʹADN extrait pour chaque microenvironnement. La qualité de lʹADN pour effectuer des amplifications par PCR ainsi que lʹefficacité de la technique dʹextraction pour récupérer lʹADN de différents types cellulaires ont été démontrées par lʹamplification de séquences dʹADN ribosomiques spécifiques de différents groupes procaryotes. Résumé Une procédure présentant une efficacité comparable pour extraire directement lʹADN des microenvironnements du sol, différents par leurs caractéristiques physico-chimiques et structurales, a été développée. Ces microenvironnements, obtenus par une technique de lavages de sol combiné à un fractionnement physique, sont le compartiment externe ou macroporosité (surface des agrégats), le compartiment interne ou microporisté (lʹintérieur des agrégats) et les différentes classes de taille et de stabilité dʹagrégats. La technique dʹextraction dʹADN consiste en une homogénéisation de lʹéchantillon et une lyse physique des cellules par cryobroyage dans lʹazote liquide, suivie dʹune lyse enzymatique avec du lysozyme et de la proteinase K. Des rendements importants de récupération dʹADN de haute masse moléculaire (≥ 23 kb) ont été obtenu dans chaque microenvironnement. Ces rendements varient de 0,7 à 51,4 μg dʹADN non purifié par gramme de microenvironnement et sont positivement corrélés avec lʹabondance en cellule bactérienne (r = 0,91). Lʹétape de purification développée à permis de récupérer au moins 60 % de lʹADN extrait pour chaque microenvironnement. La qualité de lʹADN pour effectuer des amplifications par PCR ainsi que lʹefficacité de la technique dʹextraction pour récupérer lʹADN de différents types cellulaires ont été démontrées par lʹamplification de séquences dʹADN ribosomiques spécifiques de différents groupes procaryotes.