طراحي SiRNA جهت ايجاد مقاومت نسبت به ويروس موزائيك يونجه Alfalfa mosaic virus

استفاده از Small hairpin RNA)SiRNA) روشی قدرتمند برای خاموش كردن ژن های هدف می باشد. SiRNA ها این توانایی را دارند كه برای خاموش كردن اختصاصی ژن های ویروس Alfalfa mosaic virus در گیاهان میزبان از جمله یونجه Medicago sativa مورد استفاده قرار گیرند و در نتیجه این گیاهان نسبت به ویروس مربوطه مقاومت پیدا كنند. چالشی كه در اینجا وجود دارد طراحی SiRNA های است كه بتوانند بدون در نظر گرفتن تنوع ژنتیكی در ایزوله های مختلف ویروس مورد نظر باعث خاموش شدن ژنهای ویروس شوند و همچنین این SiRNA باید به گونه ای طراحی شوند كه ژن های گیاه را خاموش نكنند. در این مطالعه SiRNA بر اساسی مناطق بسیار حفظ شده ژن كد كننده پروتئین پوششی ویروس از جدایه های مختلف ویروس virus (AMV) Alfalfa mosaic كه آلوده كننده خیار می باشد، طراحی شد. برای طراحی SiRNA با شرایط مذكور از نرم افزارهای طراحی كننده SiRNA استفاده شد. در نهایت جستجوی متقابل در ژنوم گیاه یونجه با استفاده از ابزار BLASTتایید كرد كه SiRNA های طراحی شده هیچ مشابهتی در ژنوم گیاه ندارند. بدین منظور SiRNAهای مورد نظر برای ژن كد كننده پروتئین پوششی طراحی گردید كه می توانند در روش های مبارزه با این ویروس مورد توجه قرار گیرند.

Use of siRNA is a powerfull way silencing in for gene target. SiRNA have this ability to turn off specific genes of AMV in host plants such as Alfalfa. As a result, the plants become resistant to the virus.The challenge here is to design a siRNA that regardless of genetic variation in different strains of the virus causing viral genes silencing.It SiRNA must be designed so that they do not turn off genes in plants.In this studyThe SiRNA based on highly conserved regions of the viral coat protein gene from different strains of the virus that is infecting alfalfa was designed. using BLAST search for find mutual shRNA with The pumpkin plant genome confirmed that there are any similarity in the plant genome ans designed shRNA. Therefore shRNA targeted to specific coat protein gene can act as a good candidate for the development of resistance based on RNA.