ارتباط ميان پيكربندي مولكولي پپتيدهاي EAK16 و نانو ساختارهاي تشكيل شده توسط آنها در محلول

The Correlation Between the Molecular Conformation of EAK16 Peptides and the Nano-Structures Formed by Them in the Solution

در اين مطالعه، پپتيدهاي EAK16 با استفاده از بسته نرم افزاري Grofiacs در مقياس اتمي و در شرايط مختلفي از pH شبيه سازي شده است و مشاهده شده است كه در دو محدودهي 7=pH و 10 . 53 pH به دليل تمايل پپتيدها به تشكيل نانوساختارهاي فيبري، انتظار ساختار هاي كشيده اي از پپتيدها را داريم كه البته اين موضوع در سطح تك رشته اي اتفاق نمي افتد، اما با شبي مسافري در رشته اي هاي پپتيدها در اين شرايط pH مي توان ساختار هاي كشيده اي از پپتيدها را مشاهده كرد كه مي تواند مقدمه اي براي تشكيل فيبرها باشد.

In this paper, we study EAK16 peptides using Gromacs package in atomistic scale at different pH conditions. At pH=7 and pH>10.53 single chain and double chains molecular structures are consistent with nanostructures of the peptides in the solution. All three types of EAK16 peptides form fibrilar nanostructures at pH<4.3, but their single chain simulations show that they don't have extended structure at this condition. Simulation of two chains at this pH shows their in consistence with extended structure formation of fibrilar nanostructures of them in the solution