مطالعه فاكتورهاي ترانويسي متصل شونده به ژنوم جميني ويرس ها در گياه ميزبان

The study of transcription factors in geminiviruses genome in plant host

مطالعه همانندسازي ويروسي و بيان ترانوشت‌ها در جميني‌ويروس‌ها مي‌تواند منجر به شناسايي عوامل مختلف كه در اين فرايندها دخيل هستند، شود. در اين ويروس‌ها به منظور حداقل كردن اندازه ژنوم، بسياري از عناصر افزايش دهنده ترانويسي در ناحيه هاي پروموتوري در ناحيه هاي كد شونده و غيركد شونده ژنوم و يا حتي نواحي داراي همپوشاني ترانوشت‌ها قرار گرفته اند. در اين مطالعه آناليز پروموتور جميني‌ويروس انجام شد و نتايج نشان دهنده اين موضوع است كه استرين S ويروس BCTV داراي دامنه ميزباني وسيع تري نسبت به ساير ويروس‌هاي مورد مطالعه مي‌باشد. BCTV با 47 جايگاه اتصال براي عوامل ترانويسي بيشترين و PeYDV با 26 جايگاه اتصال عوامل ترانويسي كمترين تعداد جايگاه اتصال عوامل ترانويسي را در پروموتورهاي ويروسي و مكمل خود دارند. در تمام ويروس‌هاي مورد مطالعه، رشته مكمل بيشترين تعداد عوامل ترانويسي را نسبت به رشته ويروسي دارد. عامل ترانويسي با كد P$FAM267-P.V در پايگاه داده ها بيشترين فراواني را در اين گروه از ويروس‌ها دارد، كه نشان دهنده اهميت اين عوامل ترانويسي در همانندسازي جميني‌ويروس‌ها مي‌باشد. با توجه به اينكه اين گروه از ويروس‌ها داراي دامنه ميزباني متفاوتي هستند بنابراين وجود تنوع در عوامل ترانويسي بديهي به نظر مي‌رسد، هر چند در اين مطالعه ارتباط معني داري بين وسعت دامنه ميزباني و فراواني عوامل ترانويسي جميني ويروس هاي فوق‌الذكر مشاهده نشد. مطالعات بيشتر در مورد عوامل ترانويسي جميني ويروس ها مي تواند منجر به شناسائي پروتئين هاي درگير در همانند سازي آنها و روشن شدن مكانيزم همانند سازي دي ان ا در سلول هاي گياهان ميزبان گردد.

Study of replication and transcription mechanisms in geminiviruses can lead to identification and characterization of the viral and host factors which are involved in these processes. Many transcription-enhancing elements in geminiviral promoters are located incoding and non-coding regions of virusgenome or even in overlapping areas of genes apparently to minimize the size of virus genome. Geminiviruses promptores were analyzed by Genomatix database (www.genomatix.de) and MiniTAB Software. The analyses indicated that BCTV S strain has the widest host range compared to other geminiviruses listed above. The results also revealed that BCTV with 47 transcription factor binding sites (TFBS) and PeYDV with 26 TFBS have maximum and minimum number of TFBS in virion- and complementary-sense promoters, respectively. In all aforementioned viruses, the complementary-sense promoters have more transcription factors compared to the virion-sense promoters. Transcription factor with the code of P$FAM267-P.V has the highest frequency in this group of viruses which shows the importance of this factor in replication of gemniviruses. Obvious diversity (variability) of transcription factors in aforementioned geminiviruses can be related to their different host ranges. However, we found no correlation between the host range and the number of transcription factors in these viruses. Further studies on transcription factors of geminiviruses can lead to identification of proteins involved in DNA replication and clarification of DNA replication mechanism in the host plant cells.