بررسي عملكرد ژن FNDC5 در گوسفند با تكنيك هاي بيوانفورماتيكي

سندرم چاقي و متابوليك به سرعت به يك نگراني اقتصادي ، اجتماعي و سلامت جهاني تبديل شده است كه نيازمند استراتژي-هاي جديد درماني است. در همين راستا ژن FNDC5 كدكننده يك پروتئين ترشحي كه از عضلات حين ورزش آزاد مي شود و باعث قهوه اي شدن بافت چربي سفيد با تحريك بيان ژن UCP1 از طريق گيرنده هاي هسته اي PPARA مي شود، مورد مطالعه قرار گرفت. از آنجايي كه اين ژن در گوسفند عملكرد آن مشخص نشده است. بدين منظور از پايگاه اطلاعاتي خانواده هاي پروتئيني ، ProDam كه براساس توالي هاي مشترك است استفاده شد. سپس براي بررسي عملكرد پروتئين FNDC5 از وب سايت SMART ، ScanProsite ارائه دهنده Expasy و براي اثرات متقابل اين پروتئين با پروتئين هاي ديگر از وب سايت STRING 9.1 استفاده شد. در نهايت ساختار دوم و سوم براساس توالي اسيدامينه اي در گونه گوسفند با افزارPSIPRED ، Phyre2 و I-TASSER انجام شد. نتايج حاكي از وجود دو توالي مشترك PD092082 و PD063241 بود. عضو خانواده و بالا خانواده فيبرونكتين نوع3 و همچنين توپولوژي و همولوژي آن مشابه ايمونوگلوبين مي باشد. اثرات متقابل پروتئين فيبرونكتين نوع سه با C1QL4 ، VANGL2 ، UFSP2 ، YPEL1 و ZMPSTE24 نشان داد كه براي ايفاي نقش اين پروتئين همانند آپوپتوز، تمايز، بقا و رونويسي ضروري است. همچنين نتايج ScanProsite نشان داد كه دمين فيبرونكتين نوع 3 داراي يك تري پپتيد RGD(Arg-Gly-Asp) مي باشد، كه اتصالات سلولي بواسطه اتصال تري پپتيد RGDSبه integrins انجام مي شود.