بررسي اثر مهاري تركيبات شيميايي عمده‌ي ميوه زالزالك بر روي سيستم مقاومت اسيدي هليكوباكترپيلوري در محيط in silico

مقدمه: عفونت حاصل از هليكوباكترپيلوري به عنوان يكي از شايع‌ترين عفونت هاي سيستم گوارشي محسوب مي‌شود. اين باكتري عامل اصلي زخم‌هايي است كه در معده ايجاد مي‌شود و داراي سيستم مقاومت در محيط اسيدي مي‌باشد كه شامل آنزيمي به نام اوره‌آز است كه جهت فعاليت به كوفاكتور نيكل نياز دارد. در اين سيستم پروتئين UreG به عنوان يك پروتئين كليدي، نيكل را به آنزيم اوره‌آز منتقل مي كند. بر همين اساس هدف از اين پژوهش، مطالعه اثر مهاري تركيبات شيميايي عمده عصاره ميوه زالزالك (Crataegus aronia) بر پروتئينUreG به عنوان پروتئين هدف در محيط in silico مي باشد. مواد و روش ها: با بررسي مقالات متعدد، 10 تركيب شيميايي عمده در عصاره ميوه زالزالك شناسايي شد. ازطريق پايگاه PubChem اطلاعات مورد نياز از جمله ساختار شيميايي ليگاندها بدست آمد و با استفاده از نرم افزار ChemScketch ساختار ليگاندها طراحي شد. فايل ساختار كريستالوگرافي شده پروتئين UreG از پايگاه اطلاعاتيPDB بدست آمد و با نرم افزار SPDBV سطح انرژي آن بهينه سازي شد. سپس با نرم افزار AutoDock4 تنظيمات داكينگ پروتئين- ليگاند تعريف گرديد و تعداد داك هاي هر ليگاند در جايگاه فعال، 10 مرتبه در نظر گرفته شد سپس فايل‌هاي خروجي مربوطه بدست آمد و در نهايت الگوريتم حاصل با نرم افزاز Cygwin اجرا شد و فايل گزارش بدست آمد. نتايج: بر اساس جدول RMSD فايل گزارش مشخص گرديد كه هر10 تركيب عصاره زالزالك مي‌توانند مهاركنندگان بالقوه جايگاه GTPase پروتئين UreG باشند. از بين اين 10 ليگاند، تركيبات vicenin-1 وneoisoschaftoside با انرژي اتصالkcal/mol10/11- بهترين اتصال را با پروتئين هدف برقرار مي‌كنند؛ همچنين تركيبisoschaftoside با انرژي اتصال kcal/mol01/7- كمترين انرژي اتصال را در واكنش با جايگاه فعال دارد. نتيجه گيري: با توجه به نتايج مطالعه حاضر تمامي تركيبات شيميايي عمده عصاره ميوه زالزالك از لحاظ مطالعات QSAR تمايل مناسبي براي مهار جايگاه GTPase پروتئين UreG نشان مي‌دهند. مختل شدن جايگاه فعال اين پروتئين سبب عدم انتقال نيكل به آنزيم اوره‌آز خواهد شد؛ در نتيجه‌ي اختلال در فعاليت سيستم مقاومت اسيدي، باكتري در محيط به شدت اسيدي معده از بين خواهد رفت. بنابراين مي توان گفت كه تركيبات عمده عصاره ميوه‌ي زالزالك مي‌توانند داراي اثر مهاري روي سيستم مقاومت اسيدي هليكوباكتر پيلوري باشند. بدين منظور مي‌توان تركيبات عصاره زالزالك را براي ورود به فاز ديناميك مولكولي و يا مطالعات آزمايشگاهي پيشنهاد نمود.