مطالعه بيوانفورماتيكي الگوي تمايل كدوني در طي تكامل باكتري هاي مختلف با استفاده از ژن‌ خانه‌دار rpoB

فراواني كدون¬هاي هم¬معنا در گونه¬هاي متفاوت و در ژن¬هاي متفاوت يك گونه متغير مي¬باشد كه به آن تمايل كدوني مي¬گويند. از آن¬جايي كه تكامل نقش موثري در تمايل كدوني دارد، در اين مطالعه الگوي تمايل كدوني در 10 باكتري مختلف بر مبناي ارتباط فيلوژني آن¬ها با استفاده از ژن خانه¬دار rpoB بررسي گرديد. به اين ترتيب كه ابتدا توالي ژن مورد نظر در اين باكتري¬ها و توالي ORF مربوطه از سايت NCBI استخراج شد، همرديفي توالي¬ها با استفاده از نرم¬افزار MEGA6 انجام و درخت فيلوژني مربوطه رسم گرديد. توالي¬هاي ORF وارد نرم¬افزار dnasp5.exe شد و نمودار فراواني¬هاي نسبي كدون¬ها در باكتري¬هاي مورد بررسي با نرم‌افزارIBM® PASW/SPSS® Statistics- version 24 رسم گرديد و ارتباط آن با درخت فيلوژني مورد تجزيه و تحليل قرار گرفت. نتايج نشان داد بجز باكتري¬ مايكوباكتريوم توبركلوزيس و آسينتوباكتر بوماني، ساير باكتري¬هاي مورد مطالعه تقريباً الگوي تمايل كدوني مورد انتظار براساس ارتباط فيلوژني¬شان را نشان دادند. هم¬چنين مشاهده گرديد كه باكتري مايكوباكتريوم توبركلوزيس بالاترين شاخص تمايل كدوني (CBI) را در بين باكتري¬هاي مورد بررسي داشت.