تعريف نشانگرهاي پايا براي بيماري هاي پيچيده با استفاده از شبكه هاي برهمكنش پروتئين

در گذشته بسياري از محققان به منظور تشخيص بيماري، تلاش مي‌كردند با استفاده از داده‌هاي ريز‌آرايه ، به يافتن ژن‌هاي داراي بيشترين ميزان تغيير بيان ژني بپردازند. اما با توجه به اينكه اين ژن‌ها در مجموعه داده‌هاي ديگر پايا نيستند، يعني نشانگر هاي بدست آمده براي يك مجموعه داده از يك نوع بيماري الزاما نشانگر هاي مناسبي براي مجموعه داده اي ديگر از همان نوع بيماري نيستند، امروزه روش‌هاي جديدتري به وجود آمده است كه در آن‌ها سعي مي‌شود از اطلاعات موجود در شبكه‌هاي ژني نيز استفاده شود. در اين پژوهش روشي مبتني بر شبكه ارائه شده است كه در آن با بهره‌گيري از داده‌هاي بيان ژني و شبكه برهمكنش پروتئين- پروتئين به رتبه‌بندي ژن‌ها با استفاده از روشي مشابه روش قدم زني تصادفي پرداخته شده است. پس از آن با انتخاب ژن هاي با رتبه بالاتر، زيرشبكه‌هايي متشكل از هر يك از اين چند ژن و ژن‌هايي كه در شبكه به آن‌ها خيلي نزديك و با آن‌ها هم‌بيان هستند، حاصل شده است و ويژگي‌هايي به منظور طبقه‌بندي از روي اين زيرشبكه‌ها بدست آمده است، در پايان نشانگرهاي پايا معرفي شده اند. الگوريتم ارائه شده بر روي داده هاي چهار نوع سرطان از نه مجموعه داده مختلف تست شده است و مشاهده شده كه در روش ارائه شده ژن‌هايي (و زيرشبكه‌هايي) كه براي تشخيص بيماري بكار گرفته مي‌شوند به نسبت روش‌هاي پيشين مي‌تواند نتايج بهبود يافته‌تر و پاياتري را ارائه كنند.