شناسايي QTLهاي تعيين كننده ارتفاع بوته، زمان خوشه‌دهي و عملكرد دانه در برنج با روش مطالعه ارتباط در مقياس ژنوم (GWAS)

ارتفاع بوته و زمان خوشه‌دهي صفات فنولوژيك مهمي هستند كه براي حصول عملكرد مناسب در برنامه‌هاي اصلاحي برنج به آنها توجه مي‌شود. بنابراين، در اين تحقيق از روش مطالعه ارتباط در مقياس ژنوم (GWAS) تحت مدل خطي مختلط با لحاظ ضرايب خويشاوندي (MLM+K) و با به كارگيري 37000 نشانگر SNP، براي شناسايي نواحي ژنومي مرتبط با دو صفت ارتفاع بوته و زمان خوشه‌دهي در برنج استفاده شد. براي ارتفاع بوته 9 ناحيه ژنومي (بر روي كروموزوم‌هاي 1، 2، 5، 7، 10، 11 و 12) شناسايي شدند كه بين 4 تا 8/6 درصد و در مجموع 48 درصد از تنوع فنوتيپي را توجيه كردند. بررسي پروژه آنوتيشن ژنوم برنج نشان مي‌دهد كه ناحيه ژنومي Ph1.1L شناسايي شده در اين تحقيق، حامل ژن شناخته شده sd1 مي‌باشد. براي زمان خوشه‌دهي نيز 12 ناحيه ژنومي (بر روي كروموزوم‌هاي 1، 2، 3، 6، 7، 9، 10 و 11) شناسايي شدند كه بين 4 تا 6/6 درصد و در مجموع بيش از 61 درصد از تغييرات فنوتيپي را توجيه كردند. همچنين، براي عملكرد دانه 11 ناحيه ژنومي (از جمله يك QTL بزرگ اثر بر روي كروموزوم 12) شناسايي شدند كه بر روي هم بيش از 65 درصد تغييرات فنوتيپي را توجيه كردند. نتايج اين تحقيق مي‌تواند به جداسازي ژن‌هاي جديد كنترل كننده صفات فنولوژيك منجر شود و امكان بگارگيري نشانگرهاي شناسايي شده را در برنامه¬هاي گزينش به كمك نشانگر (MAS) ميسر خواهد نمود.