شناسايي ژن گلوتاتيون پراكسيداز سير و مطالعه فيلوژنتيكي آن

گلوتاتيون پراكسيداز يكي از آنزيم هاي كليدي در سيستم دفاع آنتي اكسيداني سلول است كه نقش مهمي را در پاسخ به استرس هاي محيطي ايفا مي كند. هدف اين مطالعه شناسايي ژن گلوتاتيون پراكسيداز سير و بررسي فيلوژنتيكي آن مي باشد. براي شناسايي ژن گلوتاتيون پراكسيداز از توالي هاي EST سير موجود در EST database پايگاه NCBI و جستجو براي شباهت توالي (tblastn و blastx) استفاده شد. سپس توالي هاي بدست آمده با استفاده از ابزار ترجمه ExPASy ترجمه شده و الگوهاي حفظ شده آنها با PROSITE مورد بررسي قرار گرفت. براي پيش بيني ساختار دوم و سوم پروتئين به ترتيب از PSIPRED و Phyre2 استفاده شد. همرديفي توالي ها با استفاده از Clustal Omega انجام پذيرفت و درخت فيلوژنتيكي با استفاده از MEGA3 و روش نزديكترين همسايه رسم گرديد. نتايج نشان داد كه EST FS209961.1 مربوط به گلوتاتيون پراكسيداز سير مي باشد. پروتئين پيش بيني شده متشكل از 251 اسيد آمينه با يك جايگاه فعال و يك الگوي حفظ شده متعلق به خانواده گلوتاتيون پراكسيدازها بود. همرديفي با Clustal Omega و آناليز درخت فيلوژنتيكي نشان داد كه اين پروتئين بالاترين و كمترين شباهت را به ترتيب با گلوتاتيون پراكسيداز نخود و كلاميدوموناس دارد.