بررسي فارماكوديناميك ميانكنش تركيبات فلاوونوئيدي گياهان خارمريم و بابونه رومي بر پروتئين UreG سيستم مقاومت اسيدي هليكوباكترپيلوري

هليكوباكترپيلوري توانايي بيماري‌زايي در محيط اسيدي دستگاه گوارش را داشته و سبب ايجاد زخم‌ و التهاب در نواحي گوارشي مي‌گردد. با بررسي سيستم مقاومت اسيدي اين باكتري مشخص شده است آنزيم كليدي اوره‌آز كه فعاليت وابسته به كوفاكتور نيكل را دارد، در خنثي سازي محيط اسيدي اطراف باكتري نقش مهمي ايفا مي‌كند. پروتئين UreG با هيدروليز GTP، نقش بسيار مهمي در انتقال نيكل به جايگاه فعال اوره‌آز دارد. بر اين اساس هدف اين پژوهش بررسي فارماكوديناميك تركيبات دو گياه خارمريم (Silybum marianum) و بابونه رومي (Chamaemelum nobile) بر مهار پروتئين UreG مي‌باشد. مواد و روش ها: طي مطالعات صورت گرفته، 5 تركيب عمده فلاوونوئيدي از گياه خارمريم و 3 تركيب از گياه بابونه رومي انتخاب گرديد. با استفاده از پايگاه اطلاعاتي PubChem ساختار آن‌ها به دست آمده و ليگاند‌ها با كمك نرم افزار Chemsketch طراحي شدند. فايل كريستالوگرافي پروتئين UreG توسط بانك اطلاعاتي پروتئين PDB (4HI0) به دست آمد و با نرم افزار SPDBV سطح انرژي آن بهينه گرديد. تنظيمات مربوط به داكينگ پروتئين- ليگاند با نرم‌افزار AutoDock4 تعريف شد و الگوريتم ايجاد شده توسط نرم‌افزار Cygwin اجرا گرديد. در نهايت فايل گزارش بر مبناي تنظيمات تعيين شده، بدست آمد. نتايج: براساس جدول RMSD حاصل از فايل گزارش مشخص گرديد از بين 8 تركيب مربوطه به دو گياه ذكر شده، Isosilchristin با بهترين انرژي اتصال Kcal/mol 94/11- از گياه خار مريم و Apigenin از گياه بابونه رومي با ميزان انرژي اتصال Kcal/mol 33/8- مي‌توانند جايگاه فعال پروتئين مورد نظر را مهار نمايند. نكته قابل توجه در نتايج حاصله نشان دهنده بهتر بودن انرژي هاي اتصال تركيبات خارمريم به نسبت تركيبات بابونه رومي است. اما در كل هردو داراي انرژي اتصال خوب و از لحاظ فضايي بهترين ممانعت فضايي را در جايگاه فعال UreG ايجاد مي‌كند. نتيجه گيري: طبق يافته هاي اين پژوهش كليه تركيبات عمده فلاوونوئيدي گياهان خارمريم و بابونه رومي از لحاظ تمايل اتصال به پروتئين هدف از لحاظ بيوانرژتيك مناسب هستند. با مهار شدن UreG اتصال نيكل به عنوان كوفاكتور كليدي به آنزيم اوره‌آز مختل گشته و آنزيم فعال نمي‌شود. درنتيجه سيستم مقاومت اسيدي باكتري نيز متوقف مي‌گردد. بر اين اساس مي‌توان گياهان خارمريم و بابونه رومي را به عنوان گزينه‌هاي طبيعي و اميدبخش جهت درمان هليكوباكترپيلوري پيشنهاد داد. به همين منظور مي‌توان با استخراج عصاره‌ي اين دو گياه و تركيبات بررسي شده در اين مطالعه، به فاز ديناميك مولكولي و مطالعات آزمايشگاهي ورود كرد.