استفاده از آناليز بيوانفورماتيكي به‌منظور بررسي نقش ژن‌هاي هدفmiRNAهاي گوجه فرنگي

miRNA ها، RNA هاي كوچك تنظيم كننده اي هستند كه در فرآيند هاي مختلف بيولوژيكي گياه نقش دارند. اين مولكول ها به پروتئين ترجمه نشده ولي در كنترل بسياري از ژن هاي كدكننده پروتئين نقش دارند. در اين مطالعه، miRNAهاي بالغ و پيشساز گوجه فرنگي و ژن هاي هدف آن‌ها مورد بررسي قرارگرفته‌اند. تاكنون در اين گياه 77 پيشساز معرفي‌شده‌اند كه درمجموع 110 miRNA بالغ توليد مي كنند. نتايج بررسي توزيع طول براي ساختارهاي ساقه-حلقه در گوجه فرنگي نشان داد كه 50 درصد ساختارهاي ساقه-حلقه در اين گياه بين 80 تا 180 نوكلئوتيد طول دارند. درمجموع براي همه miRNAها 322 ژن هدف شناسايي شد كه شامل 237 ژن منحصربه‌فرد بود. برخي ژن ها توسط چندين miRNAها به‌عنوان هدف شناسايي مي شوند. عمده ژن هاي هدف از طريق مكانيسم برش توسط miRNAها كنترل مي شوند. آناليز GSEA نشان داد كه ژن هاي هدف miRNAها در بسياري از فرايندهاي حياتي گياه نقش داشته و پاسخ به استرس، اتصال به DNA، فعاليت فاكتورهاي رونويسي، انتقال سيگنال، اتصال به پروتئين و فعاليت كينازها مهم‌ترين فعاليت هاي تحت كنترل miRNAها هستند.