آناليز كل ترانسكريپتوم (RNA-Seq)به منظوردرك ژنتيكي اصلاح گندم

تجزيه و تحليل كل توالي ترانسكريپتوم، افق هاي جديد براي به نژادگران در طيف وسيعي از مطالعات ژنتيكي و به نژادي گياهان گشوده است. بسياري از صفات نظير معماري بوته و عملكرد گندم طي قرن ها در اثر به نژادي بهبود يافته اند ليكن دقيقا مشخص نيست اساس ژنتيكي تغييرات رخ داده در ژنوم چيست. در اين مطالعه از روش جديد RNA-Seq براي دستيابي به اين هدف استفاده شد. ابتدا بيان ژن هاي حاشيه نويسي شده در گندم بين اولين رقم گندم كانادا (RedFife) و يك رقم گندم مدرن (Stettler) مطالعه و SNP ها كشف شدند. بيش از 22000 عددSNP كشف شد كه اكثرشان در مكان هاي همولوگ بودند. سپس 154 لاين حاصل از تلاقي دو رقم مذكور ژنوتايپينگ شدند وبا استفاده از SNP هاي مطمئن، مكان هاي ژنتيكي كنترل كننده صفات مهم (نظير فتوسنتز، عملكرد، پروتئين، تنفس) در ژنوم پيچيده گندم نقشه يابي شدند. تعداد زيادي مكان پلي تروپيك و نيز مكان هاي كوچك اثر شناسايي شدند. ژن پاكوتاهي (RhtB1)بر روي بسياري از صفات ديگر تاثيرگذار بود. بسياري از آلل هاي مفيد (نظير محتوي پروتئين، سطح برگ، طول خوشه) از والد مدرن به ارث رسيده بودند. ادامه بررسي ها براي مطالعه چگونگي تاثيرپذيري مكان هاي ژني تنظيم كننده بيان ژن ها (e-QTLs)از پروسه هاي تكامل و اصلاح گندم ادامه دارد.