تجزيه فيلوژني ژن كانديداي تحمل به تنش شوري ، HvCBL، در اكوتيپ هاي جو .(Hordeum sp)

Phylogeny analysis of salt tolerance candidate gene, HvCBL4, in barley ecotypes (Hordeum sp.)

مطالعه حاضر براي طبقه بندي فيلوژني ژن كانديداي تحمل به تنش شوري HvCBL در 96 اكوتيپ جو انجام گرفته است. توالي نوكلئوتيدي اين ژن به هفت كانتيگ تقسيم گرديد. براي هر كانتيگ يك درخت فيلوژني تهيه گرديد. طبقه بندي ژنوتيپ ها بر اساس ميزان همولوژي ژن در كانتيگ هاي مختلف بوده است. اثرات تجمعي همه موتاسيون هاي نوكلئوتيدي بر فيلوژني يك ژنوتيپ ارزيابي گرديد. نتايج نشان داد، ژنوتيپ هايي كه در گروههاي مشابه قرار گرفتند همولوژي و قرابت ژنتيكي بالايي نسبت به يكديگر داشتند. در برخي موارد، ژنوتيپ هاي متعلق به مناطق مختلف جغرافيايي در يك گروه مشترك قرار گرفتند. اين بدين معني است كه گروه بندي آنها مستقيماً تحت تأثير منشأ ژنتيكي آنها ميباشد. ما همچنين دريافتيم كه مناطق اگزوني و اينتروني نرخ موتاسيون و ميزان همولوژي در كانتيگ ها را تحت تأثير قرار دادند. زيرا در كانتيگ هاي مختلف يك ژنوتيپ مقادير متعددي از همولوژي وجود داشت. ما ميتوانيم تأثير موتاسيون ها روي ساختار و عملكرد ژن را نيز بررسي نمائيم. نوع و محل وقوع موتاسيون عامل مهمي در اين زمينه است. همه موتاسيون هايي كه در ژنوتيپ ها رخ دادند در جهت سازگاري آنها با محيطي بوده كه در آن رشد يافته بودند. تغييرات ژنتيكي مشابه و سطح بالاي همولوژي در ژنوتيپ هاي رشد يافته در مناطق مختلف متأثر از شوري، كه در مواجه با شرايط مشابه اقليمي قرار گرفتند، اين امر را توجيه مي كند.

The current study has been done to phylogeny classification of salinity stress tolerance candidate gene, HvCBL4, in 96 barley ecotypes. Nucleotide sequence of the gene divided to seven contigs. A phylogeny tree was created for each contig. Classification of the genotypes was based on gene homology in different contigs. Cumulative effects of all nucleotide mutations on a genotype phylogeny were assessed. The results showed the genotypes grouped in similar class had high level homology and genetic proximity. In some cases, the genotypes from different area were located in common class. It means their grouping affected by genetic origin, directly. Also, we found exonic and intronic regions influenced mutation rate and homology level in contigs. Because, there was very various homologies in different contigs of a genotype. We can study efficacy of the mutations on gene structure and function, too. Mutation type and location is very important factor on this case. All mutations that occurred in genotypes adapted to the environment in which they grew. This is justified by similar genetic changes and high level homology in the genotypes grown in different salt affected regions faced with equivalent climatic condition