مدلي براي به دست آوردن حفره هاي پروتئين

A model for finding proteins pockets

در دهه اخير، با توجه به پيشرفت علوم و فناوري محاسباتي، استفاده از روشهاي محاسباتي در توليد داروهاي ضد سرطان متداول شده است. با توجه به فرايند تأثير دارو بر سلول، محققان در "كشف دارو به دنبال اسيد آمينه هاي (ليگاند) تأثير گذار بر پروتئين هاي سلول ها هستند. شرط اوليه ايجاد هرگونه پيوند بين پروتئين و اسيد آمينه وجود حفرهاي مناسب در سطح پروتئين است كه از لحاظ هندسي اسيد آمينه بتواند در آن جاي گيرد. لذا در تحقيقات نظري و محاسباتي كشف دارو، بدست آوردن حفره هاي موجود در سطح پروتئين داراي اهميت زيادي است، از اين جهت كه مي تواند بسياري از اسيدهاي آمينه ناسازگار را از چرخه بررسي ها حذف كند. بدين گونه تعداد اسيدهاي آمينه اي كه در آزمايشهاي تجربي بعدي لازم است امكان پيوند شيميايي آنها با پروتئين مورد بررسي قرار گيرد كاهش مي يابد و بدين ترتيب هزينه زماني و مالي كشف دارو كم مي شود. در اين مقاله، الگوريتمي جديد و سريع معرفي مي شود كه به وسيله آن مي توان حفره هاي سطح يك پروتئين را با داشتن موقعيت اتم هاي آن تعيين كرد و خصوصيات بيوشيميمايي و فيزيكي آنها را مشخص نمود.

This paper provides a simple method for a protein-clustering strategy. The basic idea implemented here is to use computational geometry methods to predict and characterize ligand-binding pockets of a given protein structure. In addition to geometrical characteristics of the protein structure, we consider some simple biochemical properties that help recognize the best candidates for pockets in a protein’s active site.