پياده سازي و ارزيابي روش تركيبي براي استنتاج شبكه تنظيم ژن از روي داده هاي سري زماني

حيات مصنوعي يا تكامل مجازي در تلاش است كه فرايندهاي تكاملي را به وسيله‌ي شبيه‌سازي كامپيوتري شكل‌هاي ساده‌ي (مصنوعي) زندگي درك كند. معمولاً شبكه¬ها در پژوهش هاي بيولوژي براي نشان دادن اطلاعات به كار برده مي¬شوند. شبكه¬هاي مختلفي در اين حوزه وجود دارند از جمله: شبكه¬هاي متابوليك و شبكه¬هاي تعاملي پروتئين و شبكه هاي تنظيم ژن. در اين مقاله يك روش براي استنتاج شبكه‌هاي تنظيم ژني از روي داده‌هاي بيان ژني به نام CRGRNI مطرح شده است. بدين منظور گام‌هاي اساسي الگوريتم پيشنهادي كه منجر به يك گرافِ جهت‌دار از تعامل‌هاي تنظيمي بين ژن‌ها با دقت بالاتر نسبت به روش‌هاي ديگر مي‌شود، توضيح داده شده است. داده‌هاي بيان ژني مربوط به چالش و محك dream4 به سايز 100 و از نوع بيان چندعاملي به عنوان ورودي اين الگوريتم مورداستفاده قرار خواهد گرفت. در آزمايش‌هاي بيان چندعاملي، هريك از ژن‌ها تحت تأثير يك يا چند ژن ديگر و همچنين عوامل محيطي قرار دارند. درنهايت ارزيابي كلي روش پيشنهادي قبل و بعد از اصلاح شبكه و مقايسه با ساير الگوريتم‌هاي ديگر در اين حوزه به ازاي هر 5 زيرشبكه از چالش موردنظر با استفاده از مفاهيم ROC و PR و همچنين آناليز شبكه‌هاي موتيف به تفصيل بيان شد. ارزيابي‌هاي انجام‌شده حاكي از آن است كه روش پيشنهادي مي‌تواند به عنوان روشي مناسب براي تشخيص روابط تنظيمي بين ژن‌ها مطرح گردد.