شناسايي و بررسي يك ارگونات نادر در ژنوم گياه شلغم (Brassica rapa)

يكي از مهمترين پروتئين هاي كه در بحث خاموشي ژن و ايجاد small RNA ها نقش فعال و بسزايي دارند، پروتئين هاي آرگونات مي باشند. هدف از اين تحقيق مطالعه بيوانفورماتيكي پروتئين هاي آرگونات موجود در گياه شلغم با استفاده از ابزار و روش هاي بيوانفورماتيكي بود. توالي هاي پروتئين هاي آرگونات گياه شلغم، از پايگاه اطلاعاتي موردنظر دريافت شد، سپس همرديفي توالي هاي، ساختار سه بعدي، دامنه ها و درخت فيلوژني اين پروتئين ها مشخص شد و در انتها خصوصيات بيشتري از اين پروتئين ها مورد بررسي قرار گرفت. اين تحقيق نشان داد كه شلغم داراي 13 پروتئين آرگونات مي باشد. پروتئين هاي آرگونات موجود در گياه شلغم مانند ساير گياهان به طور كلي داراي سه دامنه اصلي به نام هاي PAZ, MID و PIWI مي باشند كه پروتئين آرگونات شماره 5 شلغم علاوه بر سه دامنه ي اصلي ذكر شده دو دامنه ي ديگر به نام هاي CIMS_N_terminal_like و CIMS_C_terminal_like را نيز دارا مي باشد، كه وجود اين دامنه ها در پروتئين هاي آرگونات يك گياه براي اولين بار گزارش مي شود و تا به حال در ساير گياهان و حيوانات گزارش نشده است.