شناسايي و بررسي عناصر تنظيم كننده بالادست ژن هاي MIRNA برنج

اMIRNA ها، RNA هاي تنظيم كننده كوچكي هستند كه در تنظيم پاسخ گياه به تنش هاي زنده و غير زنده و نمو گياه نقش دارند. براي درك مكانيزم و شرايط فعاليت ژن هاي MIRNA، شناسايي عناصر تنظيم كننده در پروموتر لازم است. در اين تحقيق 3000bp بالا دست تعداد 2380 ژن MIRNA برنج (338 ژن MIRNA ثبت شده و 2042 ژن MIRNA بالقوه) از نظر خصوصيات عناصر تنظيم كننده مورد بررسي قرار گرفته است. نتايج نشان داد كه تعداد 61528 موتيف در بالا دست 2380 ژن MIRNA برنج وجود دارد. همچنين نشان داد كه به طور ميانگين هر ژن MIRNA داراي 26 موتيف در بالادست خود است و ژن osa-MIR394 داراي بيشترين تعداد موتيف در منطقه بالادست خود با 65 موتيف است. بيشترين تكرار موتيف در بالادست هر ژن MIRNA براي عناصر تنظيم كننده GCC-box ، G-box ، DRE و Myb1 مشاهده شد. بررسي اعضاي خانواده ژن هاي MIRNA نشان داد كه خانواده هاي MIR395 ، MIR1861 ، MIR166 ، MIR156 و MIR169 به ترتيب با 405، 357، 325، 304 و 286 موتيف در بالادست ژن هاي خود داراي بيشترين موتيف شناسايي شده براي يك خانواده بودند. همچنين عناصر تنظيم كننده Inr ، G-Box و PY-Box در بالا دست بسياري از ژن هاي MIRNA مشاهده شده و مي توان گفت تا حد زيادي در ناحيه بالادست ژن هاي MIRNA حفاظت شده هستند.