شناسايي ژن هاي دفنسين در گياه توت فرنگي(Fragaria vesca) با استفاده از روش هاي بيوانفورماتيكي

موجودات زنده، شامل گياهان معمولا در معرض پاتوژن هاي بي شماري در طبيعت قرار دارند. آن ها در پاسخ به حمله پاتوژن ها يك سيستم ايمني ذاتي تكاملي توسعه داده اند. دفنسين هاي گياهي پپنيدهاي كوچك، بسيار پايدار و غني از سيستئين هستند كه بخشي از سيستم ايمني ذاتي، كه عمدتا در برابر پاتوژن هاي قارچي معطوف شده اند را تشكيل داده است. گياهان تراريختي كه بيش بيان دفنسين دارند در برابر پاتوژن هاي قارچي شديدا مقاوم هستند. دفنسين هاي گياهي به روشني نشان دادند اگر چه توالي حفاظت شده محدود دارند اما هشت ريشه سيستئيني و يك گلايسين در جايگاه 34 كاملا حفظ شده دارند. همچنين در بيشتر موارد، گلايسين دوم (جايگاه 13) ، سرين(جايگاه 8) يك ريشه آروماتيك (جايگاه 11) و يك اسيد گلوتاميك (جايگاه 29) حفظ شده دارند كه از اين مناطق مي توان براي شناسايي ژن هاي دفنسين در گياهان هم خانواده استفاده كرد. در اين مطالعه توالي هاي EST ژن دفنسين گياهان هم خانواده مانند سيب و هلو براي شناسايي ژن دفنسين در توت فرنگي مورد استفاده قرار گرفت. در نهايت سه گروه مجزا از ژن هاي دفنسين در توت فرنگي شناسايي شد كه مي توان از مناطق حفظ شده اين گروه ها پرايمر طراحي نمود و ژن مورد نظر را براي بررسي بيشتر كلون كرد.