بررسي مقايسه اي ترنسكريپتوم برگ برنج تحت شرايط نرمال و تنش خشكي با استفاده از داده هاي EST و cDNA گياه برنج

برنج يكي از مهم ترين غلاتي است كه در شرايط متنوع اكولوژيكي كاشته مي شود. با توجه به قرار گرفتن كشور ايران روي كمربند مناطق خشك و نيمه خشك جهان، توليد برنج تحت تاثير تنش هاي محيطي به ويژه تنش خشكي حائزاهميت مي باشد. با شناسايي ژن هاي دخيل در تنش خشكي از طريق اصلاح ژنتيكي مي توان توليد محصول را افزايش داد. مطالعات ژنومي و مولكولي از جمله تجزيه و تحليل منابع EST نشان داده كه ژن هاي زيادي با عملكردهاي متفاوت بوسيله تنش خشكي القا مي شوند. براي شناسايي اين ژن ها، توالي هاي EST مربوط به بافت برگ گياه برنج در شرايط تقريبا مشابه در دوحالت نرمال و تنش خشكي از پايگاه داده NCBI جمع آوري گرديد. سپس با استفاده از نرم افزار EGassembler از ميان 57334 توالي مربوط به دو كتابخانه EST برگ برنج و توالي هاي cDNA اين گياه، 7521 كانتيگ و 32241 سينگلتون ويرايش، دسته بندي و گردآوري شدند. از ميان كانتيگ هاي مذكور، الگوريتم پياده سازي شده توسط نرم افزار MATLAB، ا1254 كانتيگ درحالت نرمال و 1275 كانتيگ در حالت تنش خشكي را نشان داد، كه از مجموع توالي هاي كانتيگ و سينگلتون ارايه شده به نرم افزار DEG6، ا73 ژن در سطح 5% بيان متفاوت داشتند.