شناسايي، طبقه بندي و مطالعه فيلوژنتيكي اعضاي خانواده ژني AP2/ERF در گندم

تنش هاي غيرزيستي از مهم ترين عوامل محدودكننده عملكرد در گياهان زراعي مي باشند. خانواده ي ژني( AP2/ERF)، گروه بزرگي از عوامل رونويسي مختص گياهان هستند كه درتنظيم بيان ژن هاي پاسخ دهنده به تنش هاي محيطي دخيل مي باشند. بنابراين شناسايي و مطالعه ي اين خانواده ي ژني گامي موثر در راستاي يافتن راهكارهايي هدفمند براي تحمل گياهان به تنش ها خواهد بود. در اين تحقيق براي شناسايي اعضاي خانواده (AP2/ERF) در گندم (aestivum Triricum)، جستجو در پايگاه هاي اطلاعاتي مرتبط مانند plantTFDB ، EMBL ، NCBI ، GramineaTFDB ، TriFLDB ، GrainGenes انجام شد. در بانك اطلاعاتي NCBI ، جستجو و همرديف سازي با استفاده از ابزار tBLASN بر عليه داده هاي نوكلئوتيدي گندم با استفاده از توالي هاي پروتئيني حفاظت شده ي هرزير خانواده AP2/ERF در گياه آرابيدوپسيس تاليانا صورت گرفت. براي ترجمه ي توالي هاي فاقد پروتئين، از نرم افزارهاي DNAstar و ORF finder استفاده شد. توالي ها توسط نرم افزار ClustalW همرديف شدند و درخت فيلوژنتيكي با استفاده از نرم افزار MEGA 4 رسم شد. پس از بررسي توالي هاي پروتئيني و آناليز فيلوژنتيكي ، 107 عضو از اين خانواده درگندم شناسايي شد. 13 عضو در زير خانواده ي AP2، ا44و 46 عضو به ترتيب در زيرخانواده هاي DREB و ERF، ا3 عضو در زير خانواده RAV و تنها 1 عضو در زيرگروه Soloist قرار گرفتند.