شناسايي واريانت‌ها‌ي آللي در جايگاه rs109645392 ژن‌SAA2 با تكنيك iPLEX در گاو‌هاي هلشتاين در مازندران

Identification of allele variants in rs109645392 locus of SAA2 gene in Holstein cattle in Mazandaran with iPLEX technique

ژن SAA2 پروتئين سرم آميلوئيد A2 را رمزگذاري مي‌كند. اين پروتئين به شدت در پاسخ به التهاب و آسيب بافت بيان مي-شود. هدف از پژوهش حاضر شناسايي واريانت‌ها‌ي آللي چند شكلي تك نوكلئوتيدي (SNP) در جايگاه rs109645392 ژن‌-SAA2 با تكنيك iPLEX در گاو‌هاي هلشتاين در مازندران بود. به اين منظور تعداد 384 نمونه خون از گاو‌هاي هلشتاين مركز شير و گوشت مهدشت تهيه گرديد. خونگيري حيوانات از وريد دمي با استفاده از ونوجكت حاوي EDTA انجام شد. سپس نمونه‌هاي خون در مخزن حاوي يخ جمع‌آوري شده و به آزمايشگاه منتقل و استخراج DNA نمكي بهينه يافته انجام شد. تعيين ژنوتيپ نمونه ها با تكنيك iPLEX انجام شد. شاخصه هاي ژنتيك جمعيت در اين جايگاه با استفاده از نرم افزار POPGENE برآورد شدند. ميانگين هتروزيگوسيتي و شاخص شانن به ترتيب 50 و 70 درصد برآورد گرديد كه نشان دهنده وجود تنوع ژنتيكي در ژن SAA2 مي باشد.با توجه به ميزان بالاي تنوع در اين جايگاه، مطالعات بيشتر روي آن در گاوهاي شيري پيشنهاد مي شود.

The SAA2 gene encodes the serum amyloid protein. This protein is strongly expressed in response to inflammation and tissue damage. The purpose of this study was to identify single-nucleotide polymorphic (SNP) allelic varieties at rs109645392 locus of SAA2 gene with iPlex technique in Holstein cattle in Mazandaran. For this purpose, 384 blood samples were collected from Holstein dairy cows of Mahdasht Milk and Meat Center. Bloods were collected from tail vein using EDTA containing venojects. Blood samples were collected in an ice-filled reservoir and transferred to the laboratory and kept in-20 ° C until the DNA was extracted. The genotyping of samples was performed in Uppsala University of Sweden using the iPLEX technique. The genotyping data were analyzed using POGGENE software. The average heterozygosity and Shannon index was 50 and 70%, respectively, showing the high diversity in this locus According to high level of diversity, more studies are recommended on it in dairy cows.