بررسي جهش هاي تك نوكلئوتيدي ژن TLR4 مرتبط با سلول هاي سوماتيك شير با تكنيك iPLEX

Detection of single-nucleotide polymorphism of TLR4 gene associated with milk somatic cell using iPLEX method

ژن TLR4 نقش اساسي در تشخيص پاتوژن و فعال سازي ايمني ذاتي دارد. در پژوهش حاضر تعداد 384 نمونه خون از گاو هلشتاين تهيه و DNA آن‌ها با روش نمكي بهينه يافته استخراج و تعيين ژنوتيپ نمونه ها با تكنيك iPLEX انجام شد. در اين پژوهش دو جهش تك نوكلئوتيدي SNP(rs8193069) و SNP(8193066) از ژن TLR4 مورد رديابي قرار گرفتند. نتايج تعيين ژنوتيپ نشان داد كه SNP(8193066) مونومورف بوده و تنوع آللي در آن وجود ندارد. در SNP(rs8193069) چند شكلي مشاهده شد به طوري كه فراواني آلل هاي T و C در اين جايگاه به ترتيب برابر با 0/08 و 0/92 مي باشد. شاخصه هاي زنتيك جمعيت در اين جايگاه با نرم افزار POPGEN براورد گرديدند. ژنوتيپ CC با 86/0 داراي بيشترين فراواني بود. همچنين ميانگين هتروزايگوسيتي و شاخص شانن برابر با 0/14 و 0/27 محاسبه گرديد. با توجه به تنوع مشاهده شده در اين جايگاه و همچنين با توجه به فراواني بالاي آلل C به عنوان يك آلل مطلوب در كاهش تعداد سلول هاي سوماتيك شير، مطالعات بيشتر وري اين جايگاه و همچنين استفاده از آلل C در برنامه هاي اصلاحي گاوهاي شيري پيشنهاد مي شود.

The TLR4 gene plays a major role in pathogenesis and intrinsic immune activation. In present study, 384 blood samples were collected from Holstein cows and DNA was extracted by modified salting out method and genotyped by iPLEX technique. In this study, SNP (rs8193069) and SNP (8193066) of the TLR4 gene were investigated. Results of genotyping showed that SNP (8193066) was monomorph and no allelic forms were observed at this locus. In SNP (rs8193069), polymorphism was observed. So that T nad C alleles frequency at this locus was 0.08 and 0.92, respectively.the population genetics indices were calculated by POPGEN software. The CC genotype with frequency 0.86 showed highest frequency. Also, average heterozygosity and Shannon index were calculated as 14.0 and 0.27, respectively. According to diversity observed in studied locus and according to high frequency of C allele as desired allele in reduction of somatic cell count in milk, more studied of this gene and also using C allele in dairy cows breeding programs are recommended.