آناليز ترانسكريپتوم گياه دارويي هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis L.) به منظور شناسايي ژن هاي مسير بيوسنتزي ديترپنوئيد

Transcriptome analysis of the Citrullus colocynthis (L.) medical plant to Identification of diterpenoid the biosynthetic pathway

در اين مطالعه ما براي اولين بار يك گزارش عمومي از ژنهايي كه براي بيوسنتز ديترپنوئيدها در هندوانه ابوجهل دخيل هستند، ارائه كرديم. داده هاي توالي يابي RNA با اطلاعات بيوشيميايي مرتبط بوده كه پايهاي براي تحقيقات كاربردي ژنومي و ترانسكريپتومي براي شناسايي بيوسنتز متابوليت هاي ثانويه در گياهان دارويي است. در اينجا ژن هاي كانديد براي مسيرهاي بيوسنتزي جيبرلين گزارش شده است. براي شناسايي آنزيم ها و رونوشت هاي درگير در بيوسنتز جيبرلين ها، پروفايل ترانسكريپتوم از ميوه سبز هندوانه ابوجهل را با استفاده از بن سازه Iluumina HiSeq2500 اجرا كرده كه بعد از كنترل كيفيت تعداد 885،952،21 خوانش داراي كيفيت بالا توليد شد. تخصيص تكميلي از 311،55 تكژن يكپارچه سازي شده توسط برنامه ي Evidential-gene وتفسير مسيرهاي بيوشيميايي KEEG كه 657،13 تكژن را نشان ميدهند به 134 مسير زيستي اشاره دارند. از جمله آنزيم هاي كدگذاري شده در مراحل اوليه مسير بيوسنتز جيبرلين ها، مانند كوپاليل ديفسفات سينتاز (CPS)، كائورن سينتاز (KSL)، انت-كائورن اكسيداز (CYP701) شناسايي شدند.

In this study, we present for the first time a general report of genes involved in the biosynthesis of diterpenes in the Citrullus colocynthis. The RNA Sequencing data are correlated with biochemical data, which is the basis for genomic and transcriptomic research to identify the biosynthesis of secondary metabolites in medicinal plants. Here are reported candidate genes for gibberellin biosynthetic pathways. To identify the enzymes and transcripts involved in the biosynthesis of gibberellins, they performed the transcriptome profiling of the green fruit of C. colocynthis using the Iluumina HiSeq2500 plant, producing 21,952,885 high-quality reads after quality control.. Further assignments of 55,311 unigenes assembled by the Evidential-gene program and annotation of KEEG biochemical pathways that represent 13,657 unigenes point to 134 biological pathways. Were identified including those encoding enzymes of early steps of gibberellins biosynthetic pathway, such as Copalyl diphosphate synthase (CPS), Kaurene Synthase (KSL), ent- kaurene oxidase (CYP701).