ژنﻫﺎي اﺧﺘﺼﺎﺻﯽ ﻣﺴﯿﺮ ﺗﻮﻟﯿﺪ ﻫﻮرﻣﻮن ﺑﺮاﺳﯿﻨﻮاﺳﺘﺮوﺋﯿﺪ ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﺷﺪه ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎي ﺗﺤﻠﯿﻞ ﺗﺮاﻧﺴﮑﺮﯾﭙﺘﻮم ﮔﯿﺎه داروﯾﯽ ﻫﻨﺪواﻧﻪ اﺑﻮﺟﻬﻞ .Citrullus colocynthis L

Identified specific genes of brassinosteroids hormone biosynthetic pathway based on the transcriptome analysis of the Citrullus colocynthis (L.) medical plant

براسينواستروئيدها )BRS( گروهي از هورمون هاي استروئيدي گياهي هستند كه رشد و توسعه آن را تنظيم مي كنند. مطالعه ي حاضر به منظور شناسايي شبكه هاي ترانسكريپتوم ژني مرتبط با مسير بيوسنتزي هورمون براسينواستروئيد در بافت ميوه هندوانه ابوجهل اجرا شد. اين داده ها يك ترانسكريپت مرجع براي پايگاه داده ژنومي هندوانه ابوجهل براي مطالعات آينده ايجاد ميكنند. تكنيك توالي يابي RNA، بنسازه Iluumina HiSeq2500 به صورت خوانشهاي دو طرفه 2×150 روي گياه هندوانه ابوجهل اجراگرديد. در مرحله ي كنترل كيفيت با استفاده از نرم افزارهاي FastQC و Trimmomatic تعداد 885،952،21 خوانش داراي كيفيت بالا توليد شد. مرحله ي يكپارچه سازي نوپديد با استفاده از برنامه ي Evidential-gene تعداد 311،55 تكژن را حاصل كرد. از توالي تك ژنهاي يكپارچه شده عليه پايگاه KAAS تعداد 657،13 تكژن تفسيرشده كه اين تعداد در 134 مسير زيستي قرار گرفتند. با بررسي تك ژن هاي مرتبط با مسير بيوسنتزي هورمون براسينواستروئيد، 32 شناسه ژني (K) در 8 مسير شناسايي شد.

Brassinosteroids (BRs) are a group of plant steroid hormones that regulate growth and development. The present study was performed to identify the transcriptome networks of genes associated with the biosynthetic pathway of brassinosteroid in Citrullus colocynthis fruit tissue. These data provide a reference transcript for the C. colocynthis genome database for future studies. The RNA sequencing (RNA-Seq) technique, the Iluumina HiSeq 2500 platform, was run on 2x250 readings on the C. colocynthis plant. During the quality control phase, 21,952,885 high quality reads were produced using FastQC and Trimmomatic software. De novo assembly using the Evidential-gene program obtained 55,311 unigenes which from them 13,657 unigenes were annotated against the KAAS database, and being located in 134 biological pathways. By examining unigenes related to the biosynthetic pathway of the brassinosteroid hormone, 32 gene KEGG identifiers (K) were identified in eight pathways.