شناسايي ژن‌هاي كانديد مرتبط با صفات توليدمثلي با تراشه‌ اسنيپ در سه نژاد گوسفند بومي ايران

Identification of candidate genes related to reproductive traits with the SNP chip in three native sheep breeds of Iran

توليدمثل، يكي از عوامل اصلي تاثيرگذار بر صنعت دامپروري و يك فرآيند فيزيولوژيكي پيچيده، اما مهم است. اساس توليد گوسفند، كه بخش مهمي از صنعت دامپروري جهان مي‌باشد به موفقيت در توليد مثل بستگي دارد. توسعه نشانگرهاي مولكولي با فراهم كردن ابزارهايي براي كشف ژن‌هاي مؤثر برصفات مختلف، فرصتي جديد براي بهبود و پيشرفت ژنتيكي در اصلاح نژاد دام ايجاد كرده‌اند. ايران يكي از مناطق مهم ذخاير ژنتيكي گوسفند در جهان است. در اين تحقيق ژن‌هاي كانديد مرتبط با ثوليدمثل تحت انتخاب مثبت در نژادهاي ايراني مشخص گرديد. بدين منظور از آماره‌هاي شاخص تثبيت (FST) و تنوع نوكلئوتيدي (Pi) ، براي مقايسه داده‌هاي حاصل از آرايه Illumina Ovine SNP50 BeadChip سه نژاد گوسفند بومي ايران (مغاني، افشاري و قزل) با نژادهاي غيربومي تجاري (ايست فريزين سفيد، ايست فريزين قهوه اي ، لاكن، دورست هورن و تكسل)، براي كشف ژنهاي كانديد استفاده شد. تجزيه و تحليل‌ يافته‌ها در اين مطالعه منجر به شناسايي ژن‌هاي كانديد درگير در صفات اندازه بستر (SPATS2L, NTRK2, RORA)، عملكرد تخمدان (HSD17B12)، تشكيل استروماي تخمدان FBN3))، تعداد جنين(DENND1A)، مورفولوژي‌اسپرم(DSCAML1)،عملكردفوليكول (HSPG2)، گامتوژنژ(UBE4A) وآبستني(RANBP17) در گوسفند گرديد كه مي‌توانند در برنامه هاي اصلاح نژادي قابل استفاده باشند.

Reproduction is one of the main factors influencing the animal husbandry industry and is a complex but essential physiological process. The basis of sheep production, an important part of the world s livestock industry, depends on reproductive success. The development of molecular markers has created a new opportunity for improvement and genetic progress in animal breeding by providing tools to discover genes effective in different traits. Iran is one of the important areas of sheep genetic reserves in the world. In this research, candidate genes related to reproduction under positive selection in Iranian breeds were determined. For this purpose, from the stability index (FST) and nucleotide diversity (Pi) statistics, to compare the data obtained from the Illumina Ovine SNP50 BeadChip array of three native Iranian sheep breeds (Moghani, Afshari, and Qezel) with non-native commercial breeds (White East Friesian, Brown East Friesian, Milk Lacaune, Dorset Horn and Texel), was used to discover candidate genes. The analysis of the findings in this study led to the identification of candidate genes involved in litter size traits (SPATS2L, NTRK2, RORA), ovarian function (HSD17B12), ovarian stroma formation (FBN3)), the number of embryos (DENND1A), sperm morphology (DSCAML1), The functions of a follicle (HSPG2), gametogenesis (UBE4A) and pregnancy (RANBP17) in sheep were determined which can be used in breeding programs.