واكاوي توالي ژن كالمادولين (CAM1) در بين طيور و پستانداران

مقدمه: تغييرات در سطح كلسيم سيتوپلاسمي به عنوان يك سيگنال در سلول هاي يوكاريوتي عمل مي كند و سيگنال‌دهي Ca2+ مدت‌هاست كه در پاسخ به طيف وسيعي از محرك‌هاي ناشي از تنش‌هاي زيست‌محيطي، فرآيندي حياتي در نظر گرفته مي‌شود. كالمودولين (CaM) يك واسطه مهم در انتقال سيگنال با واسطه كلسيم است و يك پروتئين ضروري اتصال دهنده كلسيم است. CALM1 (كالمودولين 1) يك ژن كد كننده پروتئين است و يكي از سه پروتئين كالمودولين را كد مي كند كه از اعضاي خانواده پروتئين هاي اتصال دهنده كلسيم EF-hand هستند (CaMBDs). عملكردهاي CaMBPs متنوع است كه شامل كينازها/فسفاتازها، و مهمتر از همه پروتئين‌هاي شوك حرارتي و پروتئين‌هاي اسكلت سلولي است. همچنينCaM و CaMBPs با چندين بيماري مرتبط هستند. مواد و روش ها: توالي ژن CALM1 به طول 1257 جفت باز براي گاو، بز، مرغ ، خرگوش ، خوك و گوسفند از بانك جهاني ژن به دست آمد. با استفاده از نرم افزار Clustal W تراز، ترجمه و مقايسه توالي ها انجام شد. درصد هويت و شباهت بين گونه ها با انجام مقايسه هاي زوجي توالي ها تعيين شد. بررسي تنوع نوكلئوتيدي توسط نرم افزار DnaSP و بررسي جهش غير مترادف SNP با استفاده از Panther برآورد شد. همچنين با استفاده از نرم افزار MEGA 9 با 1000 تكرار بوت استرپ درخت فيلوژنتيكي با استفاده از روش UPGMA ترسيم شد. نتايج و بحث: نتايج نشان داد كه سطح بالايي از هويت و شباهت در بين حيوانات نشخواركننده 97-88 درصد و 99-92 درصد وجود دارد كه نشان مي دهد اين ژن در تمام نشخواركنندگان حفاظت شده است همچنين درصد هويت و شباهت بين مرغ و خوك نسبتا كم بود (52٪، 66٪). نه، سه و يك SNP به ترتيب براي گاو، گوسفندو بز وجود داشت كه عملكرد پروتئين را مختل نمي كنند. هيچ جهشي براي خوك و مرغ يافت نشد و در خرگوش چهار SNP نشان داده شد. نتايج بررسي تنوع نوكلئوتيدي نشان داد كمترين تنوع نوكلئوتيدي 11/0 مربوط به خوك و بيشترين تعداد تنوع نوكلئوتيدي براي گاو برآورد شد. در درخت فيلوژنتيك ژن CALM1 رابطه نزديك بين بز و گوسفند مشاهده شد همچنين نتايج ترسيم درخت فيلوژنتيكي نشان داد آن ها از يك جد مشترك تكامل يافته‌اند. يك مطالعه دقيق‌تر كه شامل گونه‌هاي متفاوت‌تر و توالي كامل اسيدهاي آمينه به تعيين چگونگي تأثير جهش‌ها بر عملكرد ژن كمك مي‌كند.