غربالگري توالي هاي ثبت شده از نواحي بيان شونده ژنوم پرتقال براي تشخيص نشانگرهاي مبتني بر ميكروساتلايت

به منظور شناسايي و تعيين ويژگي انواع توالي هاي تكراري و توسعه نشانگرهاي ميكروساتليتي مبتني بر آنها، در پژوهش حاضر توالي هاي رونوشت ثبت شده در بانك داده هاي اسيد نوكلئيك گياه پرتقال (Citrus sinensis) مورد غربالگري و آناليز قرار گرفت. بطور كلي 214598 توالي رونوشت مربوط به پرتقال از بانك اطلاعاتي NCBI استخراج و مورد آناليز قرار گرفت كه از بين آنها 5475 عدد حداقل داراي يك ناحيه ميكروساتليتي بودند (بطور ميانگين 5/2 درصد از توالي هاي ثبت شده). درمجموع 5632 توالي تكراري در بين توالي هاي بررسي شده وجود داشت كه 118 عدد از آنها از نوع توالي هاي مركب بودند. از بين توالي هاي مورد آناليز 3097 عدد داراي مناطق احاطه كننده مناسب بوده و قابليت تبديل شدن به نشانگرهاي ميكروساتليتي را دارا بودند. نتايج تجزيه توالي هاي بررسي شده نشان داد كه به ترتيب تكرارهاي دوتائي (2/45%)، سه تائي (72/30%) و چهار تائي (1/23%) شايع ترين تكرارها در بين تكرارهاي موجود در رونوشت هاي ثبت شده گياه پرتقال مي باشند. روند مشابهي در بين نشانگرهاي ميكروساتليتي توسعه يافته مشاهده گرديد بطوريكه تعداد نشانگرهايي كه براي آنها آغازگر طراحي گرديد به ترتيب در مورد تكرارهاي دوتائي، سه تائي و چهارتائي، 1168، 1159 و 70 عدد بود. تنوع بالايي هم از نظر نوع توالي در نوع هر تكرار مشاهده گرديد، بطوريكه در تكرارهاي دوتائي نوع تكرارهاي AG/GA بيشترين فراواني (1864) و تكرارهاي GC/CG كمترين فراواني (6 عدد) را به خود اختصاص دادند. با توجه به قابليت بالاي انتقال پذيري نشانگرهاي ميكروساتليتي مبتني بر ESTs، به نظر مي رسد نشانگرهاي شناسائي شده توانائي بالائي براي شناسايي و گروه بندي انواع مركبات دارا بوده و در مطالعات مربوط به شناسايي، نقشه يابي و انتخاب به كمك نشانگر در جنس سيتروس مفيد واقع شوند.