جداسازي و شناسايي Enterobacter از گره ريشه سنجد در ايران

Isolation of Enterobacter strains from Elaeagnus angustifolia root nodules in Iran

چكيده: سنجد (Elaeagnus angustifolia L.) يا زيتون روسي گونه‌اي با ويژگي‌هاي اقتصادي، زينتي و ارزش اكولوژيكي بالايي است. اين گياه بومي آسيا مركزي و شرقي و جنوب اروپا بوده و همچنين در كانادا و غرب ايالات متحده يافت مي‌شود. به‌منظور شناسايي باكتري‌هاي همراه گرهك‌هاي ريشه در تابستان ۱۳۹۹ از گره‌هاي ريشه درخت سنجد در شهرستان رفسنجان (استان كرمان) نمونه‌برداري شد. نمونه‌ها به آزمايشگاه منتقل و پس از شست‌وشو با آب معمولي و ضدعفوني سطحي با سديم هيپوكلريت 1 درصد چندمرتبه با آب مقطر سترون شسته شدند. گره‌ها به طور جداگانه در يك تشتك پتري حاوي مقداري آب مقطر سترون به كمك تيغ خرد و قطراتي از سوسپانسيون حاصله به‌صورت مخطط روي پتري­هاي حاوي محيط روي محيط كشت آگار غذايي حاوي سوكروز 1 درصد (SNA) و YMA (عصاره مخمر، مانيتول، آگار) كشت گرديد. پرگنه­هاي باكتريايي ۴ تا ۵ روز پس از نگهداري پتري‌ها در دماي ۲۵ تا ۲۸ درجه سلسيوس روي محيط كشت ظاهر شدند. همه جدايه­ها گرم منفي و فقط قادر به رشد در دماي ۳۵ درجه سلسيوس بودند. DNA ژنومي جدايه­ نماينده استخراج و در واكنش زنجيرهاي پليمراز جهت تكثير ناحيه 16S rRNA استفاده شد. توالي نقطه تكثير شده با ارسال نمونه‌ها به شركت ماكرو ژن (كره جنوبي) تعيين شد. در مقايسه توالي به‌دست‌آمده ناحيه 16S rRNA(شماره دسترسي: (OR672976 با توالي‌هاي موجود در ,NCBI جدايه­ به­دست­آمده در اين مطالعه بيشترين شباهت را به Enterobacter نشان دادند. اين اولين گزارش از جداسازي Enterobacter از گره ريشه سنجد در ايران است.

Elaeagnus angustifolia L., also known as Russian live or Oleaster, is a species with multiple traits of economic, ornamental, and high ecological value. It is native to central and eastern Asia, southern Europe and can also be found in Canada and the western part of the United States. During the summer of 2020, naturally occurring nodules on the roots of Russian Olive trees were collected in Rafsanjan county (Kerman province, southeast of Iran) and directly used for bacterial isolation. Briefly, samples were carefully rinsed to eliminate any possibly trapped pockets of soil. The nodules were surface disinfected by immersion in 1% (v/v) sodium hypochlorite for 4 min and rinsed several times with sterile distilled water (SDW). Nodules were then individually crushed in drops of SDW and the resulting suspension was streaked on nutrient agar containing 1% sucrose (SNA) and Yeast mannitol agar (YMA) in Petri dishes. Colonies appeared after 4-5 days of incubation at 25-28°C. They were checked for purity by repeated streaking on SNA medium. All the bacterial isolates were Gram negative and grew only at 35°C. Genomic DNA was extracted from representative isolate and used for PCR amplification of a fragment of the 16S rRNA, using primers FD1/RD1. The amplicons were sequenced by Macrogen Company in South Korea. The sequence (GenBank accession number: OR672976) were compared with those present in GenBank using the BLAST algorithm. The isolated strain showed the highest similarity (100%) with Enterobacter. This is the first report on isolation of Enterobacter from Russian Olive root nodules in Iran.