پديدآورندگان :
مطبوع مريم گروه بيوتكنولوژي دام، مركز تحقيقات علوم سلولي، موسسه بيوتكنولوژي رويان،ACECR، اصفهان، ايران , اسدزاده عزيزه az.asadzadeh@gmail.com گروه زيست شناسي، دانشكده علوم، موسسه آموزش عالي نور دانش، اصفهان، ايران
كليدواژه :
اسموپورين , شبيه سازي داكينگ , پپتيد , غشاي خارجي
چكيده فارسي :
باكتري هاي گرم منفي سالمونلا متعلق به خانواده انتروباكترياسه هستند و مسئول بار زيادي از بيماري ها در سراسر جهان مي باشند. اسموپورين غشاي خارجي (OmpC) يك پروتئين غشايي حياتي در سالمونلا است كه نقش پيچيده اي در بيماري زايي دارد. OmpC ظرفيت چسبندگي، تهاجم، كلونيزاسيون و تكثير ميكروارگانيسم را افزايش مي دهد و همچنين اين پروتئين با مقاومت آنتي بيوتيكي مرتبط است. هدف از اين تحقيق بررسي پتانسيل مهاري پپتيد جديد طراحي شده در برابر اسموپورين غشاي خارجي سالمونلا مي باشد. براي مطالعه حاضر، ساختار سه بعدي اسموپورين سالمونلا تيفي با شناسه PDB ID: 3UU2، تعداد زنجير:3، وضوح: : Å 3.59 به عنوان گيرنده مورد استفاده قرار گرفت. براي آماده سازي گيرنده از نرم افزار Discovery Studio استفاده شد. در مرحله بعد توسط نرم افزار HyperChem يك پپتيد با طول 9 اسيد آمينه و توالي ALA1، GLY2، GLN3، LEU4، ARG5، TRP6، HIS7، GLY8 و GLY9 طراحي و سپس از نظر انرژي به عنوان ليگاند بهينه سازي شد. در نهايت شبيه سازي داكينگ انجام شد. براساس نتايج ما، ليگاند مورد مطالعه برهمكنش HBond را با 8 باقيمانده گيرنده نشان داد كه شامل ASP105، ARG37، TYR94، LEU107، PRO108، GLY111، GLN55 و ARG132 مي باشد. تشكيل اين پيوند هاي هيدروژني با پروتئين، عملكرد طبيعي آن را در ميكروارگانيسم ها مهار مي كند. داكينگ اسكور كمپلكس ليگاند-گيرنده 240.25 بود. اين مطالعه نشان داد كه اين پپتيد تازه طراحي شده مي تواند يك مهار كننده قوي اسموپورين غشاي خارجي باشد. با اين حال، در شرايط آزمايشگاهي، بررسي اثر ضد ميكروبي براي تاييد اين نتايج مورد نياز است.
چكيده لاتين :
Gram-negative Salmonella belong to the family Enterobacteriaceae and are responsible for a large disease burden worldwide. Outer membrane osmoporin (OmpC) is a vital membrane protein in Salmonella that plays a complex role in pathogenicity. OmpC increases the microorganism s adhesion, invasion, colonization, and proliferation capacities, and also this protein is related to antibiotic resistance. This research aims to study the inhibitory potential of the newly designed peptide against the outer membrane osmoporin of Salmonella. The current study utilized the 3D structure of the Salmonella typhi osmoporin with PDB ID: 3UU2, number chain: 3, Resolution: 3.59 Å as the receptor. The software Discovery Studio was used for receptor preparation. In the next step, by HyperChem software, a peptide with a length of 9 amino acids and sequence ALA1, GLY2, GLN3, LEU4, ARG5, TRP6, HIS7, GLY8, and GLY9 was designed and then optimized in terms of energy as ligand. Finally, Docking simulations were performed. Based on our results, the studied ligand showed HBond interactions with 8 receptor residues, including ASP105, ARG37, TYR94, LEU107, PRO108, GLY111, GLN55, and ARG132. The formation of these hydrogen bonds with protein inhibits its normal function in microorganisms. The docking score of the ligand-receptor complex was -240.25. This study revealed that this newly developed peptide can be a potent inhibitor of outer membrane osmoporin. However, in vitro, antimicrobial efficacy is required to verify these results.
