جداسازي و شناسايي سويه بومي Fusarium sp. از درياي خزر: مطالعه موردي

Isolation and identification of a native strain of Fusarium sp. from the Caspian Sea: a case study

فوزاريوم گروه بزرگي از قارچ‌هاي رشته‌اي، معروف به هيفوميست‌ها است كه معمولاً در خاك و همراه با گياهان يافت مي‌شوند. برخي از اين قارچ ها پاتوژن‌هاي مهم گياهي هستند. نمونه‌هاي رسوبي از عمق 3 متري در سواحل جنوبي درياي خزر جمع آوري شدند. سوسپانسيون همه‌ي نمونه‌ها در سرم فيزيولوژي تهيه شد. براي جداسازي ميكروارگانيسم‌ها از روش كشت سطحي بر روي پليت‌هاي حاوي سيب‌زميني دكستروز آگار (PDA) استفاده شد. به منظور خالص‌سازي جدايه قارچي از روش تك اسپور بر روي محيط واتر آگار (WA) استفاده شد. بررسي خصوصيات مورفولوژيكي جدايه قارچي با استفاده از روش ميكروكشت و گرماگذاري در دماي 30 درجه سانتي‌گراد به مدت 5 تا 7 روز انجام شد. شناسايي مولكولي جدايه قارچي با تعيين توالي DNA به روش PCR با استفاده از پرايمرهاي ITS1 و ITS4 انجام شد. تراز توالي مناطق مختلف ITS جدايه قارچي با استفاده از الگوريتم BLAST در پايگاه داده‌ي مركز ملي اطلاعات بيوتكنولوژي (NCBI) تعيين شد. تجزيه و تحليل توالي ناحيه ITS ريبوزومي تكثير شده جدايه قارچي در پايگاه اطلاعاتي NCBI و مقايسه آن با توالي‌هاي مشابه از طريق نرم‌افزار BLAST نشان داد كه اين جدايه بيشتر از 99 درصد با خانواده‌ي نكترياسه و جنس فوزاريوم شباهت دارد.

Fusarium is a large group of filamentous fungi, known as hyphomycetes, that are commonly found in soil and are associated with plants. Some of these fungi are important plant pathogens.Caspian sea sediments were collected from 3 meters deep. Samples were suspended using physiological saline, and suspensions of all soil samples were prepared. The spread plate technique on Potato Dextrose Agar (PDA) plates was employed to isolate microorganisms. In order to purify the fungal isolate, single-spore method was used on water-agar (WA) medium.The investigation of the morphological characteristics of the fungal isolate was carried out using  slide culture method and incubation at 30 ºC for 5 to 7 days. Molecular identification of fungal isolate was conducted by DNA sequencing by PCR assay using ITS1 and ITS4 primers. A sequence alignment of various fungal ITS regions was constructed using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) algorithm in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. Analysis of the amplified ribosomal ITS region sequence of the fungal isolate in the NCBI database and comparison with similar sequences via BLAST software showed that this isolate was more than 99% identical to the family Nectariaceae and genus Fusarium.