بررسي خواص مكانيكي اجزاي كانال يوني ORF3a موجود در غشاي ويروس SARS-CoV-2 به كمك شبيه‌سازي ديناميك مولكولي

هدف اين تحقيق، مدل‌سازي تك تك اجزاي تشكيل دهنده كانال يوني ORF3a موجود در غشاي كرونا ويروس، به كمك روش ديناميك مولكولي هدايت شده (SMD) و محاسبه خواص مكانيكي هر يك از اين اجزا در شرايط مختلف فيزيولوژيك است. داشتن آگاهي از اين خواص، به نوعي ظرفيت تحمل تنش هر كدام از مارپيچ هاي اين كانال را در اختيار محققان قرار مي دهد تا در موضوعاتي چون بررسي مكانيزم باز و بست اين كانال به رفتار شناسي و عملكرد اين ويروس كمك شود. با انجام شبيه سازي ديناميك مولكولي اين كانال يوني در محيط هاي آبي و خلا، خواص مكانيكي اجزاي اين كانال را محاسبه كرده تا مسير شناخت كانال و مكانيزم عملكرد آن در حضور محرك هاي مكانيكي محيطي هموارتر شود. با انجام بيش از 100 شبيه سازي ديناميك مولكولي، مدول يانگ مارپيچ TM1 متعلق به كانال يوني ORF3a در دو حالت محلول و خلاء محاسبه شد و مشاهده شد كه در حالت محلول، حضور ملكول هاي آب باعث شكستن پيوند هاي هيدروژني مارپيچ شده و به نوعي نقش روانكار را در فرايند تغيير طول مارپيچ ايفا مي كنند و در نتيجه مدول يانگ مارپيچ TM1 در اثر هيدراته شدن، به ميزان 31 درصد كاهش يافت. بديهي است علاوه بر حوزه درمان بيماري كوويد، شناخت رفتار مكانيكي اين كانال ها مي تواند منجر به توسعه كاربردهاي احتمالي آنها در حوزه هاي ديگر درمان (دارورساني هوشمند)، انرژي (تصفيه آب) و فيزيولوژي (توالي‌يابي مولكول ‌هاي زيستي) شود.