بررسي ايمني‌زايي توالي منتخب از باكتري فوزوباكتريوم نكروفوروم به منظور توسعه يك dna واكسن عليه اندومتريت گاو

در صنعت دام‌پروري توليد مثل مسئله‌ي حياتي محسوب مي‌شود و بيماري اندومتريت يكي از مهم ترين اين بيماري ها است كه منجر به كاهش كارايي توليدمثليمي‌گردد. با توجه به اهميت اقتصادي بيماري اندومتريت باليني در گاوشيري و مضرات اقتصادي زيادي كه در اثر اين عارضه متوجه صنعت پرورش گاوشيري مي شود، هدف از مطالعه‌ي حاضر ارزيابي ايمني زايي يك پروتئين منتخب از فوزوباكتريوم نكروفوروم براي توسعه ي يك واكسن نوتركيب تحت واحدي بود. پس از بررسي هاي بيوانفورماتيك و هم‌ترازي، بخش كانزرو توالي (آنتي ژن سطحي ring infected erythrocytes ( fbsa انتخاب شد. اين بخش از اسيدآمينه ۸۹ تا ۲۹۲ پروتئين مورد نظر قرار گرفته است. شاخص‌هاي مختلف فيزيكي-شيميايي پروتئين مانند نقطه ايزوالكتريك، وزن مولكولي، نيمه عمر، تعداد دنباله هاي منفي و مثبت و... بــا اســتفاده از ابزار protparam در پايــگاه expasy (protparam/tools/org.expasy) محاســبه گرديــد. نتيجه رونويسي از توالي منتخب با نرم افزار expasy در فريم ۲ توالي اسيدهاي آمينه مورد نظر را نشان داد. اين امر مشخص مي كند كه بيان كانستراكت، مطابق توالي مورد درخواست خواهد بود و هيچ عدم تطابقي مشاهده نشد حلاليت پروتئين به وسيله prediction solubility protein recombinant (http//:www.biotech.ou.edu) ارزيابي شد. يك پادگن براي اينكه كانديداي خوب واكســن باشــد بايد هيدروفيل بوده و بتواند هر دو پاســخ ايمني با واسطه ياخته-هاي b و t را برانگيزد. پيشگويي ايمني‌زايي هومورال قطعه‌ي منتخب از پروتئين مورد نظر با استفاده از سايت http://sysbio.unl.edu/svmtrip/prediction.php انجام شد. بر اساس نتايج به دست آمده اين پروتئين داراي ۱۲ اپي‌توپ خطي درون خود است و مي‌تواند حداقل انگيزه‌ي توليد ۱۲ آنتي‌بادي باشد. لذا تحريك ايمني هومورال مناسب خواهد بود. پيشگويي ايمني‌زايي سلولي قطعه‌ي منتخب بر اساس امكان عرضه توسط mhc i و mhc ii در گاو با استفاده از آلل-هاي گاوي مناسب و آلل هاي انساني داراي بيشترين شباهت با آلل هاي گاو و همين طور پيشگويي اپي‌توپ‌هاي مورد شناسايي لنفوسيت‌هاي b با استفاده از نرم‌افزار iedb analysis (http://tools.iedb.org/main/) انجام گرديد. ارزيابي ايمني‌زايي براي لنفوسيت هاي b نشان داد حداقل ۵۰ اپي توپ قابل شناسايي توسط اين سلول ها وجود دارد. پيشگويي ايمني‌زايي سلولي قطعه‌ي منتخب از پروتئين fbsa بر اساس آستانه اتصال به mhc i تحت كلاس bola- d ۱۸.۴ نشان داد در ۶۹ جايگاه ۹ واحد اسيدآمينه امكان اتصال آنتي‌ژن در توالي‌هاي مشخص به مولكول mhc i گاو در تحت كلاس bola- d ۱۸.۴ وجود دارد. پيشگويي ايمني‌زايي سلولي قطعه‌ي منتخب از پروتئين مورد نظر بر اساس آستانه اتصال به mhc ii تحت كلاس hla-drb۱*۱۱:۸۹، hla-drb۱*۱۴:۸۲، hla-drb۱*۱۴:۱۴ و hla-drb۱*۱۴:۵۱ نشان داد ۴۳ پپتيد با آستانه‌ي مناسب براي اتصال و عرضه توسط مولكول‌هاي mhc ii آلل هاي معادل گاوي پيشگويي مي‌شود. در مجموع ايمني زايي قطعه ي مورد نظر مناسب تشخيص داده شد