بررسي تنوع ژنتيكي و جايگاه فيلوژنتيكي ويروس پيچيدگي برگ زرد گوجه فرنگي (TYLCV) جدايه شهرستان خرم آباد براساس بخشي از ژن پروتئين پوششي

Investigating the genetic diversity and phylogenetic position of Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV) isolated from Khorramabad city based on a part of the coat protein gene

بيماري ويروسي پيچيدگي برگ زرد گوجه‏فرنگي از مهم‏ترين بيماري‏هاي ويروسي گوجه‏فرنگي (Solanum lycopersicum L.) در مناطق گرمسيري، نيمه گرمسيري و گلخانه ‏هاي مناطق معتدل جهان به شمار مي‎رود. ميزان خسارت ناشي از اين ويروس شديد بوده و ممكن است به 100 درصد هم برسد. ناقل طبيعي آن، سفيد بالك Bemisia tabaci است. با توجه به گسترش ويروس مهم و خسارت‏زاي پيچيدگي زرد برگ گوجه‏فرنگي در اكثر نقاط كشور و خصوصاً شهرهاي همسايه استان لرستان، هدف از اين مطالعه رديابي ويروس TYLCV در گلخانه‏هاي شهرستان خرم‏آباد مي باشد كه درگير جمعيت بالاي سفيدبالك هستند. با شناسايي استرين‏هاي اين ويروس و ميزان تنوع و پراكنش آنها و نيز شناخت چگونگي تغييرات ژنتيكي‏شان در كشور مي‏توان برنامه‏هاي كنترل بيماري را بنياد نهاد. به منظور رديابي و بررسي تنوع ژنتيكي TYLCV در گلخانه‏هاي كشت گوجه‏فرنگي شهرستان خرم‏آباد از گياﻫﺎن مشكوك به آﻟﻮدگي نمونه‏ﺑﺮداري ﺷﺪ. در آزمون PCR پس از بكار بردن جفت آغازگر دژنره اختصاصي جميني ويروس‏هاي منتقل شونده با سفيدبالك، قطعه‏اي به اندازه تقريبي 550 جفت باز تكثير شد كه نشان دهنده آلودگي به ويروس TYLCV در مناطق بررسي شده دارد. به منظور بررسي دقيق‏تر، ژن كامل پروتئين پوششي ويروس با استفاده از جفت آغازگرهاي اختصاصي به اندازه تقريبي 1300 جفت باز تكثير شد و درخت فيلوژني با استفاده از ترادف ژن پوشش پروتئيني با نرم‏افزار MEGA11 و به روش Neighbor joining ترسيم شد. همچنين ماتريس مقايسه جفت توالي هاي نوكلئوتيدي دو جدايه خرم آباد با 15 ايزوله منتخب از بانك ژن با استفاده از نرم افزار SDT v1.2 ترسيم شد. مقايسه توالي‏هاي نوكلئوتيدي جدايه هاي خرم آباد (Kh1 وKh2 ) در NCBI تشخيص TYLCV را در منطقه مورد مطالعه تاييد كرد. توالي‏هاي نوكلئوتيدي تعيين شده به ترتيب 63/97-79/94% و 69/95-50/%90 هويت نوكلئوتيدي و آمينواسيدي را با ساير توالي‏هاي TYLCV موجود در NCBI نشان دادند. ماتريس مقايسه جفت توالي هاي نوكلئوتيدي دو جدايه خرم آباد با 15 ايزوله منتخب از بانك ژن با استفاده از نرم افزار SDT v1.2 نشان داد كه توالي دو ايزوله ويروسي مورد مطالعه بسيار مشابه بوده و درصد شباهت نوكلئوتيدي آنها 60/95 درصد است. همچنين جدايه Kh1 (40/95 درصد) بيشترين شباهت را با جدايه كويت و جدايه Kh2 (60/97 درصد) با جدايه عراق بيشترين شباهت را داشت. اين نتايج با آنچه در درخت فيلوژني ترسيم شده با استفاده از Mega11 ديده شد، يكسان بود. اين اولين گزارش از شيوع گسترده TYLCV در گلخانه هاي گوجه فرنگي شهرستان خرم آباد بود.