بررسي داكينگ مولكولي تركيبات گياه مرزنجوش با پروتئين متصل شونده به پني سيلين شماره2a باكتري استافيلوكوكوس اورئوس مقاوم به متيسيلين

Investigating molecular docking of marjoram plant compounds with penicillin-binding protein 2a of methicillin-resistant Staphylococcus aureus

عفونت هاي باكتري استافيلوكوكوس اورئوس يك نگراني عمده براي سيستم سلامت مي باشد چرا كه اين باكتري نسبت به آنتي بيوتيك هاي رايج مقاومت پيدا كرده است. يكي از عوامل اصلي مقاومت پروتئيني به نام پروتئين متصل شونده به پني سيلين2a است. مطالعات پيشين نشان داده اند كه عصاره گياه مرزنجوش قادر به از بين بردن سويه هاي مقاوم اين باكتري است. بنابر اين، هدف از مطالعه حاضر داكينگ مولكولي تركيبات گياه مرزنجوش با پروتئين متصل شونده به پني سيلين2a بود تا تركيبات مهاري احتمالي اين پروتئين مشخص شوند. با استفاده از پايگاه هاي داده Lotus و NPASS تركيبات گياه مرزنجوش استخراج شد و با استفاده از پايگاه داده PubChem با فرمت sdf ذخيره سازي شد. ساختار پروتئين متصل شونده به پني سيلين2a از بانك اطلاعاتي PDB استخراج و با فرمت pdb ذخيره شد. سپس، با استفاده از نرم افزار PyRx داكينگ مولكولي بين تركيبات گياه و جايگاه فعال آنزيم انجام شد. درنهايت، مطالعه فارماكوكينتيك و سميت تركيبات منتخب با استفاده از پايگاههاي داده آنلاين انجام شد. نتايج نشان داد كه دو تركيب Ursolic Acid و Sonchuside H داري بيشترين نيروي اتصال (8/8 كيلوكالري بر مول) با جايگاه اتصال آنزيم هدف بودند. علي رغم اينكه هر دو تركيب در مطالعات فارماكوكينتيك خواص مناسبي داشتند در مطالعات بعدي سميت نسبي از خود نشان دادند. در نتيجه، علي رغم اينكه اين تركيبات گياه مرزنجوش احتمالا خواص دارويي بر عليه پروتئين متصل شونده به پني سيلين2a داشتند ولي به دليل سميت نسبي نمي توان آنها را به عنوان كانديداي دارويي معرفي كرد.