شناسايي lncRNAهاي اختصاصي سرطان كلوركتال بر اساس مطالعات بيوانفورماتيك و تاييد آزمايشگاهي بيان آن ها در مدل سلولي

Identification of colorectal cancer-specific lncRNAs based on bioinformatics studies and laboratory confirmation of their expression in cell models

زمينه و هدف : سرطان شامل مجموعه اي از بيماري هاي ژنتيكي است كه با رشد و تكثير غيرقابل كنترل سلول ها و انتشار آن ها در بدن همراه است. هدف از اين مطالعه مقايسه ميزان بيان lncRNA هاي CCAT1و CRNDE در نمونه هاي توموري و نرمال افراد مبتلا به سرطان كلوركتال (CRC) بود. مواد و روش ها: در ابتدا با استفاده از ديتابيس هاي آنلاين و مطالعات بيوانفورماتيك دو lncRNA در سرطان كلوركتال كانديد شدند. سپس، سلول هاي رده سرطاني كلوركتال SW948 و نرمال HDF تهيه گرديد و پس از كشت سلول و استخراج RNA تام سلولي، cDNA سنتز گرديد و تغيير سطح بيان اين دو lncRNA در سلول هاي سرطاني و نرمال با استفاده از روش real time PCR مورد بررسي قرار گرفت. نتايج: مطالعات بيوانفورماتيك نشان داد كه lncRNA هاي CCAT1 و CRNDE بيشترين تغيير بيان را در سرطان كلوركتال دارند و كانديد مطالعات مولكولي شدند. سپس تغييرات سطح بيان lncRNA هاي كانديد شده در رده هاي سلوليSW948 در مقايسه با رده HDF به كمك روش RT-qPCR بررسي شد (p 0.05). واكنش real time RT-PCR نشان داد كه بيان هر دو (P=0.0272) lncRNA CRNDE و lncRNA (P=0.0033) CCAT1 در سلول سرطاني نسب به نرمال افزايش بيان نشان داده است. نتيجه گيري : با توجه به نتايج بدست آمده در اين مطالعه، مي توان عنوان كرد اين دو lncRNA در سرطان كلوركتال افزايش بيان معني داري را نشان مي دهند و مي توانند به عنوان بيوماركر در سرطان كلوركتال معرفي شوند.

Background and Objective: Cancer includes a set of genetic diseases that are associated with the uncontrollable growth and proliferation of cells and their spread in the body. The aim of this study was to compare the expression levels of CCAT1 and CRNDE lncRNAs in tumor and normal samples of people with colorectal cancer (CRC). Materials and methods: At first, using online databases and bioinformatics studies, two lncRNAs were candidates in colorectal cancer. Then, SW948 and normal HDF colorectal cancer cells were prepared and after cell culture and total cell RNA extraction, cDNA was synthesized and the change in the expression level of these two lncRNAs in cancer and normal cells using real time PCR method, was investigated. Results: Bioinformatics studies showed that lncRNAs CCAT1 and CRNDE have the most expression changes in colorectal cancer and became candidates for molecular studies. Then, changes in the expression level of candidate lncRNAs in SW948 cell lines compared to HDF line were investigated using RT-qPCR method (p 0.05). The real time RT-PCR reaction showed that the expression of both lncRNA CRNDE (P=0.0272) and lncRNA CCAT1 (P=0.0033) increased in cancer cells compared to normal. Conclusion: According to the results obtained in this study, it can be said that these two lncRNAs show a significant increase in expression in colorectal cancer and can be introduced as biomarkers in colorectal cancer.