بهينه سازي نشانگر مولكوليRAMP براي مطالعه تنوع ژنتيكي و روابط خويشاوندي بين ارقام مختلف بادام

بادام با نام علمی (P. dulcis (Mill.) D.A.Webb; syn. P. amygdalus Batsch) یكی از گونه های جنس پرونوس و زیر جنس آمیگدالوس (خانواده رزاسه و زیر خانواده پرونوئیده) می باشد كه به طور تجاری در مناطق وسیعی از جهان كشت می شود. از آنجایی كه ارقام ایرانی بادام تاكنون كمتر شناخته شده و یا مورد بررسی قرار گرفته اند، لذا مطالعه، شناسایی و تعیین روابط ژنتیكی بین ارقام ایرانی با استفاده از روشهای مولكولی می تواند مناسب و مفید باشد. استفاده از نشانگرهای مولكولی بویژه ریز ماهواره ها بدلیل دقت بالای آنها در مطالعه ژنوم درختان میوه از اهمیت زیادی برخوردار است. همچنین استفاده از نشانگرهای مولكولی با قدرت تولید بالای باند های چند شكل به منظور تعیین دقیق تفاوت های ژنتیكی بین ارقام مختلف ضروری به نظر می رسد. هدف از این تحقیق بهینه سازی استفاده از نشانگر مولكولی RAMP كه تركیبی از نشانگر ریز ماهواره (SSR) و راپید (RAPD) می باشد جهت بررسی روابط ژنتیكی ارقام و ژنوتیپ های بادام داخلی و خارجی بود. DNA ژنومی از بافت های برگی جوان استخراج و واكنش های PCR با استفاده از تركیب پرایمری انتخاب شده از بین 100 مكان ریز ماهواره و 120 آغازگر RAPD انجام شد. نتایج بدست آمده نشان داد كه برخی از مكان های ریز ماهواره در تركیب با آغازگرهای RAPD| باند چند شكل مناسبی تولید كردند و همچنین تفاوت بین ارقام و ژنوتیپ های مختلف بادام را نشان دادند كه از آن جمله می توان به مكان UDP96003 اشاره كرد. همچنین آغازگر OPA8 در بین سایر آغازگرهای RAPD بیشترین تعداد باند چند شكل را تولید كرد. بهترین تركیب آغاز گری بدست آمده در این تحقیق برای نشانگر RAMP، تركیب UDP96003R OPA8 بود. همچنین از بین برنامه های مختلف PCR مناسب ترین دمای اتصال برای تركیب آغاز گری نشانگر RAMP ,40 درجه سانتیگراد بود. با استفاده از تركیب های آغازگری بدست آمده برای نشانگر RAMP و همچنین نتایج حاصل از برنامه های مختلف PCR می توان از این نشانگر جهت بررسی روابط ژنتیكی ارقام مختلف درختان میوه جنس پرونوس بدلیل دقت بالا و تعداد باند چند شكل مناسب و همچنین به منظور ایجاد نقشه های ژنتیكی، اشباع نقشه های موجود و یافتن نشانگرهای پیوسته با یك صفت خاص برای انتخاب به كمك نشانگر (MAS) استفاده نمود.

Almond (P. dulcis (Mill.) D.A.Webb; syn. P. amygdalus Batsch) is one of the most important species of Prunus genus and Amygdalus sub species that is grown commercially in large areas of the world. Since Iranian varieties have been poorly characterized so far, molecular studies are suitable means in order to identify and characterize the relationship between Iranian cultivars. Using microsatellite molecular markers is important particularly due to their high accuracy in studying the genome of the fruit trees. Also, using molecular markers with highpolymorphisms bands production is necessary in order to determine of distinguish between different cultivars. The objective of this study was optimization of Random Amplified Microsatellite Polymorphism (RAMP) marker, which is combination of SSR and RAPD markers, for study of genetic diversity and relationship among different native and foreign almond cultivars. Genomic DNA was extracted from young leaf tissues and PCR reactions were done using 100 primers of microsatellites and 120 RAPD selected primers. Results showed that some of microsatellites loci similar UDP96003 locus in combination with RAPD primers produced polymorphisms bands that could show the diversity between different almond cultivars. Also, OPA8 primer produced the maximum polymorphism bands among all RAPD primers. The best primer combination for RAMP marker in this research was UDP96003R-OPA8. Also, between different PCR programs 40 C was optimum annealing temperature. Primer combination of RAMP marker and optimized PCR programs that was obtained in this work, can used for study the genetic diversity of Prunus genus, construction of linkage map, saturation of available linkage map and finding the markers linked to special trait