آناليز تمايز جمعيتي نژادهاي گوسفند بومي (افشاري، مغاني و قزل) و خارجي (رامني، مرينوس و دورپر)

نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. شناسایی این مناطق ژنومی یكی از مهمترین حوزه های تحقیقاتی در ژنتیك حیوانی است، زیرا این مناطق اغلب با OTLهای مرتبط با صفات اقتصادی در ارتباط هستند. روشی های مختلفی برای تشخیص نشانه های انتخاب از طریق تجزیه و تحلیل های ژنومی توسعه یافته اند. در این پژوهش از تعداد ۹۹ رأس گوسفند ایرانی (شامل ۳۷ رأس افشاری، ۲۷ رأس مغانی، ۳۵ رأس قزل) و تعداد ۳۱۰ رأس گوسفند نژاد خارجی (شامل ۲۴ رأس رامنی، ۲۵۹ رأس مرینوس و ۲۷ رأس دورپر) بدون روایط خویشاوندی، جهت بررسی تمایز جمعیتی و برآورد نشانه های انتخاب استفاده شد. بعد از مراحل كنترل كیفیت ۴۷۰۰۸ ماركر SNP با فواصل متفاوت بروی كروموزوم های مختلف باقی ماندند و برای بررسی نحوه قرار گرفتن حیوانات در گروههای نژادی خود 3 آنالیز مولفه های اصلی )PCA( با استفاده .3 اطلاعات روابط خویشاوندی ژنومی استفاده شد، كه سه نژاد گوسفند ایرانی در یك گروه و نژادهای رامنی، مرینوسی و دورپر در گروههای مجزا قرار گرفتند. جهت بررسی تمایز جمعیتی در بین این چهار گروه ژنتیكی حاصل از آنالیز لایه بندی جمعیتی از آماره های تتا و FST استفاده شد. در این تحقیق چهار منطقه ژنومی دارای بیشترین ارزش تمایز ژنتیكی را در بین این گروه های ژنتیكی نشان دادند كه به ترتیب معنی داری بر روی كروموزوم های ۱۱، ۱، ۴ و ۱۷ قرار دارند. نتایج این تحقیق بیانگر این است كه نژادهای ایرانی در مقایسه با نژادهای خارجی دارای تشابه ژنتیكی بیشتری می باشد. با تكنیك لایه بندی جمعیتی می توان گروه های ژنتیكی را به طور دقیقی تری تشكیل داد كه این امر بروی نتایج پارامترهای بدست آمده تتا و FST بدون اریب تاثیرگذار می باشد.

Selection for increasing the frequency of new advantageous mutant in a subset of populations cause signatures on the genome. Detecting these genomic regions is one of the most important areas of animal genetic research because those regions are often correlated with ecumenically important QTLs. various methods have been developed for detection of selection signatures through genomic analysis. In this study 99 samples of Iranian (include the 37 samples of Afshari, 27 samples of Ghezel, 35 samples of Moghani sheep breed) and 310 exotic samples (include the 24 samples of Romney, 259 samples of Merinos and 27 samples of Dorper sheep breed) without pedigree relationship from sheep Hap Map were used for population differentiations analysis. By applying quality control for genotyping call rate, Minor Allele Frequency (MAF) and Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) deviation, 47,008 SNPs were remained. Those numbers of SNPs were spanned on the all chromosomes with different distances. Population stratification analysis via genetic relationships principal components analysis (PCA) showed that three Iranian sheep breeds grouped as one category and Romney, Merinos and Dorper were separated as distant groups. Theta and FST were estimated as population differentiation analysis. In this study, four genomic regions showed significant genetic differentiation on the chromosomes 11, 1, 4 and 17 respectively by decreasing of Theta value. By this result concluded that Iranian sheep breeds has more genetic similarity rather than exotic breeds. With the population stratification analysis, the accurate genetic group will be applied thus these results can affect on the unbiased Theta and FST values.